基因组时代计算微生物学.PDFVIP

中国科学: 生命科学 2017年  第47卷  第2期:159～170 SCIENTIASINICAVitae 评 述 中国科学院  科学与技术前沿论坛  后基因组时代的物理生物学 基因组时代的计算微生物学 左光宏,郝柏林1 1,2*   1. 复旦大学物理系,理论生命科学研究中心,上海200433; 2. 中国科学院理论物理研究所,北京 100190 *联系人,E-mail: hao@ 收稿日期:2016-11-06;接受日期:2016-11-22; 网络版发表日期:2017-01-22 国家重大科学研究计划(批准号:2007CB814800,2013CB834100)资助 摘要       微生物基因组和RNA序列构成生物学数据的重要部分.从基因组出发而且不用序列联配的CVTree和 基于16SrRNA序列联配的LVTree,是两套原始数据和计算过程相互独立的构建原核生物亲缘树和分类系统的 途径. 这两套途径的自动化,使亲缘关系和分类系统成为大数据分析的副产品,可以帮助后继乏人的分类学摆 脱困境.特别是基于基因组的CVTree, 既提供了大范围研究的工具,又在种以下具有16SrRNA序列分析所不能 企及的高分辨力,可以提出和解决一批新问题,开辟若干新方向. 本文是相关研究工作的扼要综述. 关键词     原核生物,亲缘树,分类系统,不用序列联配的基因组比较,CVTree,LVTree 生物是物,生物有理;生物有形,生物有数.“夫圣 方向. 1993年,中国物理学会委托清华大学组织为期3 [1] 人者,原天地之美,达万物之理” ;物之至美者,莫过 天的“物理学与生物学”讨论会;1995年为祝贺彭桓武 生物.形和数乃数学的对象.用数学研究和表达物理, 先生80华诞,专门举行了题为理论物理与生命科学的 就是理论物理. 物理学和生物学的相互促进由来已 [2] 香山会议 . 久.在英文和些其他西方语言里,医师(physician)和 虽然本次科学技术前沿论坛的标题中写有“后基 物理学者(physicist)源于同一个字根.物理手段决定生 因组时代”,本文主旨仍是强调基因组时代正方兴未 物研究的深度. 1859年,达尔文的 《物种起源》全书 艾. 微生物基因组数据的大量涌现和积累,为从整体 没有到细菌或微生物,但确实几次说到显微镜. 微 和细节两个方面推进微生物学研究供了前所未有 生物学是显微镜下的生物学.计算机也是一种物理手 的机遇. 这首先是从基因组数据出发,阐明细菌的亲 段,微生物学正在被计算机发展所推进. 缘关系和建立客观的分类系统.一向以“湿”实验为基 1943年,理论物理学家薛定锷在都林发表“什么 础的微生物学,也必然要借助信息技术来实现综合. 是生命”的著名演讲时, 听众席里坐着日后成为中国 计算微生物学, 已经成为重要的研究方向. 本文将结 两弹一星功勋之一的彭桓武. 1978年,彭桓武在创立 合本研究组磨剑10余年所锤炼的CVTree网络服务器, 中国科学院理论物理研究所时把理论生物列入研究 介绍已经取得的成果和今后的发展前景,同时与基于  引用格式：  左光宏,郝林. 基因组时代的计算微生物学. 中国科学: 生命科学,2017,47: 159–170 ZuoGH,HaoBL.Computationalmicrobiologyingenomicera. SciSinVitae,2017,47: 159–170,doi: 10.1360/N052016-00312 © 2017  《中国科学》杂志社