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法医DNA分型 STR遗传标记?DNA分型技术生物学、方法学和遗传学的概况 生物学 方法学 遗传学 生物学 DNA的提取 ：在分析DNA前，必须将DNA同其他细胞物质分离，细胞中包裹、保护DNA的细胞蛋白可抑制DNA分析。 DNA定量分析：是为了确保提取的DNA是来自人类而不是细菌之类的其他来源。 PCR：聚合酶链式反应：是一种酶促反应，特定的DNA区域反复复制，产出大量特定的拷贝。 DNA分型 重复DNA:中等长度的核心重复单位，有时称为小卫星或可变数目的串联重复（VNTR）. STR:长度范围大约在10-100各碱基；包括 2-6个碱基重复单位的DNA区域称为微卫星、简单序列重复（SSR）或者（STR）. 可分为两类： VNTR分型、STR分型 RFLP:用限制性内切酶切割VNTR附近的DNA片段,称为限制性片段长度多态性技术。 聚合酶链式反应处理微量和低量法医样本的能力强于RFLP技术 法医DNA分型使用的是STR分型 STR分型的优势：可实现自动化并使用灵敏的荧光检测技术 ，法庭科学家可快速地从这些遗传标记中收集到的数据。同过对多个染色体上的基因座进行分析，STR在无关个体甚至近亲个体中都具有很高的分辨率。 GeneMaker HID 操作 一：输入数据： 选择数据对话框（Open Data Files） 二：运行Run Template Selection包括：panel、内标、内标的颜色（默认橙色） panel 位置是理论上给出的每个基因座下面可能出现的所有等位基因的准确（以后提到的Bin） 内标（Size Standard）: （试剂）用来转化从时间到碱基长度的一个标准 数据处理参数分为：原始数据处理（Raw Data Analysis）、Size Call、Allele Call三部分 原始数据处理： （1）确定分析范围；Auto-Range （2）使峰形图更加的光滑smooth （3)起点统一到原点Baseline substraction （4）pull-up Correction 将连带的峰删除 (5）Spike Removal去掉毛刺 Matrix 文件：（ABI 3100中称为光谱校准）为电泳时不同颜色的分离标准。该文件通过包含每种颜色的样本的电泳而建立的。各种颜色的电泳结果组合成一种数学矩阵，以消除与其他颜色光谱重叠的部分。Matrix文件可为检测设备提供荧光类型识别，对于检测数据分析至关重要。 Matrix 失效称为“Pull-up”,是由于检测仪器无法正常识别标记STR 扩增产物的染料颜色。这种现象是由于光谱的叠加造成的。当检测结果超过设备的线性范围时，峰就会出现其余颜色的“拔起”或者“渗透”。 此时需要重新作”Matrix”的标准，软件生成新的Matrix,即可纠正这一问题。 Size call ： 主要是进行由时间到碱基长度的转化 Allele call:(1)选择分析范围 (2)设置峰的强度范围(50-30000) 下一个对话框： 自动校正Panel，自动挑选最适合的Ladder 选择阳性对照 Allele Peak分数阈值 混合样本判断阈值 名词解释： 1：Ladder:等位基因分型标准物（Allelic ladders） 是一个人为样本。某一STR 遗传标记在人群中常见的等位基因的混合物。是检测每一个STR基因座的标准，它是对不同实验室因仪器和条件不同检测到的不同片段进行校正的表要保证.含有特定STR遗传标记的所有等位基因。 2：阴性对照：包含全部PCR混合物而不含有模板DNA，使用水或者缓冲液充当模板成分，用于评估PCR成分是否被DNA 污染。 3：阳性对照：用于监控反应成分是否失效或缺失。阳性对照是一个已知序列的高质量的标准DNA。与其他参与扩增的样本使用相同引物同时扩增。目的 是确认反应成分和温度循环参数适宜扩增特定 DNA区域。 4；混合样本：Ladder 当中列出了，一个样本基因座下可能出现的所有等位基因，即STR重复次数。但是一个样本下，一个基因座下面只可能出现一到二个峰，出现三个或者三个以上的即认为为混合样本。 检查与修正Size Call： 一般来说，需要检查分值80以下的样本 ：通过增加或者减少峰来完成，主要实现，由时间转化成长度之间的线性关系。 检查ladder，Panel Editor里面校正ladder 阳性对照和阴性对照 ： All Color Browser 峰图：其中峰顶右边显示的小数表示的是杂合不平衡的比例。 （两个峰图高度的比值，最好采用面积的比值） 后面还有标注的3X是指的放大的比例。 正常的等位基因其名称为绿框灰底；对于普通样本，可疑的等位基因是黄底，失败的等位基因是红底 。 编辑