双龙方有效成分诱导干细胞分化过程中差异表达基因筛选和.PDFVIP

双龙方有效成分诱导干细胞分化过程中 差异表达基因的筛选和聚类分析 # 王金津 钱夕元 ( 200237) 李 雪 杨辉华 梁琼麟 王义明 罗国安 ( 100084) :目的:利用基因芯片筛选双龙方主要成分(人参皂苷 Rb1, 丹参酚酸 B)诱导大鼠骨髓间充 质干细胞(MSCs)分化过程中的差异表达基因,并对差异表达基因进行聚类分析, 研究双龙方主要有效 成分对大鼠MSCs增殖及分化的影响方法:用含 5705条大鼠基因的博奥大鼠全基因组 Oligo芯片, 以 不同给药情况不同时间点的细胞总 RNA制备的探针杂交芯片,用 LuxScan 10KA双通道激光扫描仪 (CapitalBio公司)进行扫描,筛选 MSCs变化过程中的差异表达基因并进行生物信息分析, hierarchical 聚类提取差异表达的特征基因结果:在MSCs的分化过程中, 筛选出 128条 ( 2. 24% )差异表达基因, 经分析发现它们与能量代谢,信号传导等多类基因密切相关, 对样本进行聚类发现MSCs在 20- 30天 之间发生了显著的改变结论: 基因芯片是研究中药作用机理的有效平台, 双龙方主要成分可诱导 MSCs向心肌样细胞分化 :双龙方 基因芯片 差异基因表达 hierarchical聚类分析 , , [ 2- 4] , [ 1] ,DNA ( Global Systems Biology) [5- 6] 收稿日期: MSCs 修回日期: 科学技术部∃ 十 五%科技支撑计划项目(2006BAI08B04- 01): 中药复方作用和配伍评价研究, 负责人: 罗国安; 科学技术部 973计划专项课 题(2005CB523503): 中医临床防治慢性肾功能衰竭的系统生物学研究, 负责人:李平, 罗国安 联系人:钱夕元,副教授,主要研究方向:计算数学与数值软件,信息安全, Te:l 02164253147, Email: xiyuan ecust. edu. cn; 罗国安, 本刊编委, 教授,博士生导师,主要研究方向: 中药方剂化学, 电话: 01062781688, Emai:l luoga tsinghua. edu. cn !W orld Science and T echnology /M odernization of Traditional Ch inese M ed icine and M ateria M edica∀ 39 2007 Vo.l 9 No. 3 3. 基因芯片的质量控制 PCR , Qiagen 1. 细胞标本 O ligo 12, ( 1)大鼠MSCs的提取与培养 Randomized negative control W istar, , , 20min, , , DMEM /F12 4.