稻瘟病菌诱导水稻特异表达est数据库的建立及相关基因鉴定植物病理与分子生物学专业论文.docxVIP

摘要稻瘟病菌诱导水稻特异表达EST数据库的建立及相关基因鉴定 摘要 稻瘟病菌诱导水稻特异表达EST数据库的建立及相关基因鉴定 博士研究生：庄晓峰 指导教师：李德葆教授 l本研究对受稻瘟病菌诱导水稻叶组织特异表达cDNA文库进行了大规模测序，共获得 有效EST序列15396条，其中14975条EST序列己被国际公共数据库——GellBank数据库接 受。对13316条具有Poly(A)尾的序列进行了冗余度分析，共获得5633条独立基因，占全 部序列的42．3％。其中低丰度表达基因(表达频率≤2)4503条，中丰度表达基因(2<表达 频率<20)i074条，高丰度表达基因(表达频率I>20)56条。 5633条独立基因与GenBank水稻数据库进行BLASTn比对，首次建立了受稻瘟病菌诱导 水稻叶组织特异表达数据库。通过对数据的生物信息学分析发现，未知基因3628条，占64．4 ％；有功能注释的基因642条，占11．40％：有染色体定位信息的1560条，占27．7％。 通过对所有已知功能基因的分析发现，数据库中与已知植物抗逆相关的蛋白有66类。 涉及苯丙烷类代谢、氧代谢、氧化还原反应、病程相关蛋白以及植物抵御高温胁迫、低温胁 迫、光胁迫、水胁迫、植物创伤等相关的蛋白。证实水稻防御稻瘟病菌侵染的抗病过程是涉 及众多基因共表达的一个复杂的网络体系，并且与其它生物因子、非生物因子胁迫处理之间 存在着密切的联系。 2有意思的是：通过与稻瘟病菌全基因组序列数据库和水稻全基因组序列数据库的 BLASTn比对，对5633条独立基因进行筛选，共检出来源于稻瘟病菌的基因16条。对这些 基因的生物信息学分析结果表明，除3个未知基因外，Mgr003编码的环孢菌素(Cyclophilin) 和MgrOll编码的P型ATP酶与稻瘟病菌侵染早期附着孢形成相关；Mgr007编码的半乳糖氧 化酶和MgrOl6编码的B一葡萄糖苷酶参与识别和降解水稻表皮细胞：C-4甲基固酵氧化酶 (Mgr005)和6一圈醇c_甲基转移酶(Mgr009)参与稻瘟病菌致病性相关的膜蛋白——麦角 固醇的合成；还有可能与稻瘟病菌侵染过程中信号传导相关的质膜钠离子应答蛋白(Mgr002) 和丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶(Mgr015)；与蛋白合成相关的核糖体L12蛋白(Mgr014)和延伸 因子2(MgrOlO)：与真核细胞细胞体内的蛋白质的运输和分泌相关的外被体蛋白(Mgr006)： 参与脂肪酸生物合成的烯酰还原酶(Mm-008)等。从受稻瘟病菌诱导水稻叶组织中筛选到的这些基因可能在病原与寄主的相互作用中起重要作用。 参与脂肪酸生物合成的烯酰还原酶(Mm-008)等。从受稻瘟病菌诱导水稻叶组织中筛选到 的这些基因可能在病原与寄主的相互作用中起重要作用。 3利用前期大规模测序的表达序列标签，制备完成容量为1106条独立基因的cDNA微阵 列，对抗瘟性近等基因系HTR和fiTS的表达谱分析发现：在水稻样本受到稻瘟病菌侵染8小时 后，众多的基因表达发生变化，在980组有效数据中，有170个基因的表达发生显著改变，其 中106个基因上调表达，64个基因下调表达。 为克隆与抗病相关的新基因，选取10个差异表达明显的未知基因进行了生物信息学分 析，除氯原酸辅酶A一3一沪甲基转移酶和肉桂醇脆氢酶是在木质化过程中参与木质素形成的关 键基因外，其它基因编码的蛋白也可能参与抗病相关的生理生化反应。 从lO个差异表达基因中选取具有BTB／PoZ结构域的JOOle09作为候选基因，结合分子生物 学实验方法。通过电子拼接克隆了一个在稻瘟病菌诱导早期表达的新基[]OsBTB，并获得该 基因的全长cDNA序列(1974bp)和DNA序列(5174bp)。Northera杂交结果显示该基因在水稻受 稻瘟病菌诱导早期表达，与水稻抵御病原菌侵入密切相关。 OsB7b基因的RNA微阵列分析结果表明：该基因受稻瘟病菌．非生物胁迫和植物激素等诱 导表达；与9个抗痛基因的RNA微阵列聚类分析结果发现，该基因的表达与MAPK的表达状况类 似，结合前期的BLASTp比对结果，推测如87功￡因具有类Jfg／MAPK的蛋白激酶活性，在植物信 号传导中发挥重要作用。 关键词：表达序列标签生物信息学数据库cDNA微阵列电子拼接RNA微阵列 AbstractEstablishment Abstract Establishment of Oryza sativa Specific ESTs Database Induced by Magnaporthe grisea and Identification of Resistance-related Genes Ph．D．Candidate：Zhuang Xiaofeng(Plant pathology a