毛竹bZIP转录因子的基因结构与进化分析-森林与环境学报.PDF

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2019-02-05 发布于天津
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毛竹bZIP转录因子的基因结构与进化分析-森林与环境学报

－森林与环境学报　２０１６ꎬ ３６(１): ５４６１第３６卷第１期ＪｏｕｒｎａｌｏｆＦｏｒｅｓｔａｎｄＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ２０１６年１月ＤＯＩ:１０.１３３２４/ ｊ.ｃｎｋｉ.ｊｆｃｆ.２０１６.０１.００９毛竹ｂＺＩＰ转录因子的基因结构与进化分析１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２张庆波 ꎬ胡尚连 ꎬ徐　刚 ꎬ曹　颖 ꎬ卢学琴 ꎬ龙治坚 (１.西南科技大学植物细胞工程实验室ꎬ 四川绵阳６２１０１０ꎻ ２.四川省生物质资源利用与改性工程技术研究中心ꎬ 四川绵阳６２１０１０) 摘要:以毛竹基因组数据库中的１０７个编码ｂＺＩＰ转录因子的基因为材料ꎬ 对其进行系统发育分析ꎬ 筛选得到了Ａ、Ｄ和Ｓ亚族的ｂＺＩＰ家族成员ꎬ 并对其基因结构、适应性进化、与水稻基因对之间的进化分歧时间及蛋白质同源建模等进行生物信息学分析ꎮ 结果表明ꎬ 毛竹Ａ、Ｄ和Ｓ亚族共有４７个ｂＺＩＰ家族成员ꎬ 其中Ａ亚族１８个ꎬ Ｄ亚族１６个ꎬ Ｓ亚族１３－个ꎮ 基因结构分析表明ꎬ ３个亚族中内含子数量为０１６个ꎬ 而且Ｄ亚族基因的内含子—外显子组成比Ａ亚族和Ｓ亚族更为复杂ꎮ 适应性进化分析表明ꎬ ３个亚族总体上处于净化选择压力之下ꎻ Ａ、Ｄ和Ｓ亚族的平均进化分歧时间分别为－２７９.０ꎬ ２６５.６和２０２.９Ｍｙａꎻ ４７个毛竹ｂＺＩＰ蛋白质主要以α 螺旋为主ꎬ 且Ｄ亚族的三级结构比Ａ和Ｓ亚族复杂ꎮ 关键词:毛竹ꎻｂＺＩＰ转录因子ꎻ生物信息学分析－－－中图分类号:Ｓ７１８.４６文献标识码:Ａ文章编号: ２０９６００１８(２０１６)０１００５４０８ＡｎａｌｙｓｉｓｏｎｇｅｎｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｂＺＩＰｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｏｆＰｈｙｌｌｏｓｔａｃｈｙｓｅｄｕｌｉｓ１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２１ꎬ２ＺＨＡＮＧＱｉｎｇｂｏ ꎬＨＵＳｈａｎｇｌｉａｎ ꎬＸＵＧａｎｇ ꎬＣＡＯＹｉｎｇ ꎬＬＵＸｕｅｑｉｎ ꎬＬＯＮＧＺｈｉｊｉａｎ (１.ＬａｂｏｆＰｌａｎｔＣｅｌｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇꎬＳｏｕｔｈｗｅｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬＭｉａｎｙａｎｇꎬＳｉｃｈｕａｎ６２１０１０ꎬＣｈｉｎａꎻ ２.ＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇＲｅｓｅａｒｃｈＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｍａｓｓＲｅｓｏｕｒｃｅＵｔｉｌｉｚａｉｔｏｎａｎｄＭｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＳｉｃｈｕａｎＰｒｏｖｉｎｃｅꎬＭｉａｎｙａｎｇꎬＳｉｃｈｕａｎ６２１０１０ꎬＣｈｉｎａ) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｇｅｎｅｓｏｆ１０７ＰｈｙｌｌｏｓｔａｃｈｙｓｅｄｕｌｉｓｂＺＩＰｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄａｓｍａｔｅｒｉａｌｓｆｒｏｍａｖａｉｌａｂｌｅｐｕｂｌｉｃｄａｔａｂａｓｅｓ. ＳｕｂｓｅｑｕｅｎｔｌｙꎬｔｈｅＡꎬＤａｎｄＳｓｕｂｇｒｏｕｐｍｅｍｂｅｒｓｗｅｒｅ