结核分枝杆菌基因组学与基因组进化.pdf

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2012, 39(7): 595~604 核分枝杆菌基因组学与基因组进化* 1) 1) 1) 2) 1)** 宛宝山 张秋芬 周爱萍 赵国屏 姚玉峰 (1) 上海交通大学医学院基础医学院病原生物学教研室，上海200025； 2) 中国科学院上海植物生理与生态研究所合成生物学实验室，上海200032) 摘要 在后基因组时代，特别是在新的测序理论和设备大发展的背景下，一些重大传染性致病微生物基因组序列正在被逐一 测定，并且随后的基因功能注释，蛋白质三维结构重建等工作也正在开展，以期对致病微生物的生物学特性、诊断策略和治 疗方法等有突破性的认识 作为对人类健康一直存在严重威胁的结核分枝杆菌，其基因组在进化中所发生的各种遗传事件对 其生物学性质、致病能力和抗药性等各方面有重要作用 本文旨在阐述结核分枝杆菌的起源及其基因组特征，论述其基因组 进化的研究进展 关键词 结核分枝杆菌，基因组，比较基因组学，分子进化 学科分类号 Q93，R3 DOI: 10.3724/SP.J.1206.201 1.00469 结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberc ulos is)是重 密切联系，表明结核分枝杆菌的祖先菌可能属于土 要的全球性致病菌，由其引起的结核病是世界上致 壤中生存的分枝杆菌[3] 死率最高的传染病之一 据世界卫生组织报告，每 1 2 核分枝杆菌的基因组学研究 年约有200 万人死于结核病，其中98% 的死亡都 1998 年英国Sanger 中心和法国Pasteur 研究所 [1] 发生在发展中国家 随着HIV 病毒的流行，三分 合作完成了对结核分枝杆菌H37Rv 菌株全基因组 之一HIV 染者都患有结核病 某些地区，耐药 [4] 测序工作 结核分枝杆菌基因组大小为4.4 Mb ， 性菌株的出现速度之快足以引起人们的警惕 结核 预测含4 4 11 个开放 读框(ORF) 其中3 924 个 病流行现状的彻底改变似乎还只是遥远的理想 本 ORF 被认为编码蛋白质，50 个基因编码稳定的 文将简述目前结核分枝杆菌基因组学研究的现状和 RNA 结核分枝杆菌基 因组 G/C 含量高达 发展趋势，介绍有关其基因组进化的研究成果 65.6% 基因组编码蛋白质的 10%为PE(脯氨酸和 谷氨酸重复)和PPE(脯氨酸、脯氨酸和谷氨酸重复) 1 结核分枝杆菌的基因组学 蛋白质家族 在初期的功能注释中，结核分枝杆菌 1 1 核分枝杆菌的起源 基因表达产物中，40%为有功能的蛋白质产物，另 结核分枝杆菌属于慢速生长型分枝杆菌 利用 44%与基因组其他信息有关，这当中大多是 “保守 16 S rRNA ，rp oB 和hsp 65 等重要基因序列构建 且功能假定的序列”( 即它们在其他细菌中也存在 分枝杆菌的进化树发现结核分枝杆菌与其同属的 但其功能未知)，还有 16%则完全未知且仅存在于 M af ricanum、M bov is 、M bov is (BCG)、M microti 结核分枝杆菌和其他分枝杆菌属中 和M cap rae 等在亲缘关系 更加相近，它们现在 被归为结核分枝杆菌复合群(MTBC)[2] 对结核分 枝杆菌H37Rv 菌株的测序结果表明，其基因组包 * 国家