中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用-中国水产科学.PDFVIP

中国水产科学 2018 年7 月, 25(4): 705713 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17356 中国渔业生物DNA 条形码信息平台构建及应用 1 1 1 1 2 2 李尚琪 , 李炯棠 , 张研, 孙晓晴, 柳淑芳 , 庄志猛 1. 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 中国水产科学研究院, 北京 100141; 2. 中国水产科学研究院黄海水产研究所, 山东 青岛 266071 摘要: 构建DNA 条形码数据信息系统是规范管理DNA 条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集 我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA 条形码的基础上, 通过统一提交数据的规范格式, 实现物种、凭证标本 和DNA 条形码的三级关联, 构建了中国渔业生物DNA 条形码信息平台() 。该平台数 据信息由物种名录数据库、凭证标本数据库和DNA 条形码数据库组成, 涵盖6020 种渔业生物的凭证信息和DNA 条形码资源。平台能够提供方便的网络查询, 实现未知渔业生物样本的DNA 条形码物种鉴定。研究首次构建涵盖 我国重要渔业生物的DNA 条形码信息平台, 通过平台实现国内外数据共享和合作交流, 为渔业生物分类、种质资 源利用、濒危物种保护和水产品物种物种鉴定提供重要数据资源。 关键词: 渔业生物; 数据库; DNA 条形码; 物种鉴定 中图分类号: S917 文献标志码: A 文章编号: 10058737(2018)04070509 DNA 条形码是生物体内一段标准的、有足够 息及其二者之间的对应关系信息, 并能方便相关 变异的、易扩增且相对较短的 DNA 片段。由于 研究人员使用这些数据信息, 即数据管理和信息 该 DNA 片段与物种存在唯一对应关系, 因而该 共享问题, 是限制DNA 条形码应用的主要问题。 片段可以像商品的条形码一样标识对应的物种信 目前, 构建 DNA 条形码数据信息系统是最有效 息, 故称为DNA 条形码。按照国际生命条形码协 的解决方案。结合数据库技术和网络技术构建 会建议, 动物DNA 条形码通常选择COI (CO1 或 DNA 条形码信息平台, 一方面能规范存储和查询 者COX1)基因为候选基因, 植物一般采取matK 、 存储样品信息和 DNA 条形码序列, 另一方面能 rbcL 、trnH-psb A 、ITS 基因为候选基因[1] 。研究 对外提供物种鉴定分析的生物信息学工具, 对推 人员通过分子检测技术, 快速获得未知物种的 动DNA 条形码研究和应用具有重要意义[1] 。第一 DNA 条形码信息, 比较已知的DNA 条形码-物种 个国际 DNA 条形码数据系统-生命条形码数据库 对应关系, 能准确鉴定未知物种的信息。与传统 系统(Barcode of Life Database Systems, BOLD 的形态学分类相比, 条形码技术具有不受样品性 systems), 由国际生命条形码联盟生命条形码协 别、发育阶段、形态学变化限制的优点, 因此在 会(Consortium for the Barcode of Life, CBOL)于 生命科学、法医学、药学、食品学和检验检疫等 2007 年建立[2] 。迄今, BOLD 系统内包含超过 18 领域均有广泛的应用。 万种动物、6.6 万种植物和2.1 万种真菌等物种的 在获