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基因组学与其他组学的关系;基因组学(genomics);genome;The flow of the “omics” sciences: genomics, proteomics, and metabolomics;转录组学( transcriptomics );应用于转录组分析的三种技术的比较;第一代测序法:sanger测序法;RNA-seq(RNA转录组测序);第二代测序技术(高通量测序技术);Principle of Pyrosequencing;每次向反应体系中加入一种dNTP,相应位置的峰代表该种dNTP的掺入情况,峰高与掺入的核苷酸数量成正比,多余的dNTP和ATP在加入下一种dNTP前就被降解。
;蛋白质组学( proteomics );蛋白质组学的研究方法;二维凝胶电泳(2-DE)和质谱(MS)技术是蛋白质组研究的核心技术,分别针对样品的分离和鉴定
双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)
利用蛋白质等电点和分子量差异,结合凝胶化学特性,分离各种蛋白质的方法。
工作原理:
根据蛋白质等电点的不同进行第一向等电聚焦电泳分离
转移到二向SDS-聚丙烯酰胺凝胶上,再根据相对分子量大小不同进行分离
;第一向电泳:等电聚焦电泳( isoelectrophoresis focusing, IEF)
聚丙烯酰胺凝胶内的缓冲液在电场作用下沿电场方向在凝胶内制造一个pH梯度。每种蛋白质都将迁移至与它的pI 相一致的pH处。;第二向电泳:聚丙烯酰胺凝胶电泳电泳( SDS)
根据蛋白质分子质量将样品分离
双向电泳后的凝胶经染色后蛋白呈现二维分布图:
水平方向反映出蛋白在pI上的差异,
垂直方向反映出它们在分子量上的差别。
;质谱(MS)法:
基本原理:样品分子离子化后,根据离子间质荷比(m/z)的差异来分离并确定样品的分子量。
灵敏度高、快速、能同时提供样品的精确分子量和结构信息、既可定性又可定量、并能有效地与各种色谱联用来分析复杂体系。 ;代谢组学( metabonomics );代谢组指一个细胞、组织或器官中所有代谢组分的集合,尤其指分子质量为1,000以下的小分子物质。;质谱(MS)或与色谱联用技术具有普适性、高灵敏度和特异性等特点,已经在代谢组学研究中成为首选技术。
核磁共振技术(NMR),能够对样品实现非破坏性、非选择性分析。它是唯一既能定性, 又能在微摩尔范围定量有机化合物的技术。??陷是灵敏度相对较低, 不适合分析低浓度代谢物。
代谢组学在肿瘤研究中的应用
近来的研究表明, 不同肿瘤制备样品(比如培养细胞、组织切片、体内肿瘤块等)的代谢图谱与肿瘤类型、增殖、代谢活性以及细胞死亡有较强的相关性。对肿瘤代谢表型图谱的研究有助于人们了解肿瘤发生、发展以及致死的机制; 在临床条件下, 这些代谢图谱可以作为肿瘤诊断、预后以及治疗的评判标准。
;谢谢观看,请各位指正!
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