核糖核酸酶Sa表面水和尿素分子的分布和动力学行为的-应用化学.PDFVIP

第３５卷 第１０期 应 用 化 学 Ｖｏｌ．３５Ｉｓｓ．１０ ２０１８年１０月 　　　　　　　ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＡＰＰＬＩＥＤＣＨＥＭＩＳＴＲＹ　　　　　　　 Ｏｃｔ．２０１８ 核糖核酸酶Ｓａ表面水和尿素分子的分布和 动力学行为的分子动力学模拟 ａ，ｂ ａ ａ 杨科成 　崔凤超 　李云琦 ａ ｂ （中国科学院长春应用化学研究所，合成橡胶重点实验室　长春 １３００２２；中国科学院大学　北京 １０００４９） 摘　要　利用分子动力学模拟研究了在不同尿素浓度下，核糖核酸酶Ｓａ（ＲＮａｓｅＳａ）表面水和尿素分子的分 布和动力学行为。结果表明，尿素分子可与ＲＮａｓｅＳａ酶形成较强的相互作用，并取代其表面的水分子而富集 在蛋白质表面。尿素分子更倾向与ＲＮａｓｅＳａ酶的疏水残基作用，与ＲＮａｓｅＳａ酶主链形成氢键的能力更强。尿 素分子的平动和转动远远慢于水分子的平动和转动。ＲＮａｓｅＳａ酶表面水分子的平动和转动随着尿素浓度增 加而逐渐变慢，但ＲＮａｓｅＳａ酶表面尿素分子的动力学并不依赖于尿素浓度变化。本研究中明晰的ＲＮａｓｅＳａ 酶表面水和尿素分子分布和动力学有助于理解水和尿素分子对蛋白质稳定性的影响。 关键词　核糖核酸酶Ｓａ；停留时间相关函数；偶极偶极时间相关函数；分子动力学模拟 中图分类号：Ｏ６４１　　　　　文献标识码：Ａ　　　　　文章编号：１００００５１８（２０１８）１０１２４３０６ ＤＯＩ：１０．１１９４４／ｊ．ｉｓｓｎ．１００００５１８．２０１８．１０．１７０３４２ ［１２］ 水和尿素对蛋白质的稳定性有截然不同的影响。水是生命中最重要的物质之一 ，球蛋白在水中 ［３］ 可以自发地折叠成特定空间排列的三维结构 ，从而行使其特定的生理功能。尿素分子则是最常见的 ［４］ 变性剂 ，能够破坏蛋白质的三维结构。然而到目前为止，人们仍不清楚水和尿素分子是如何具体影响 蛋白质结构的。 蛋白质折叠时把疏水残基埋藏在分子内部的现象被称为疏水作用（ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｅｆｆｅｃｔ），疏水作用被 ［３］ 认为是蛋白质折叠的最主要的驱动力 。此外，研究发现蛋白质表面水的性质与本体溶液中水的性质 大不相同［１］，表面水在蛋白质折叠、蛋白质行使生理功能时的构象转换和分子识别中发挥着重要作用， ［５］ 被称为“生物水”（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｗａｔｅｒ） 。核磁共振实验发现蛋白质表面水分子的平动和转动显著慢于本 ［１］ 体溶液中的水分子的平动和转动 ，水分子的动力学和蛋白质的动力学是耦合的，最显著的现象是在 水分子存在的情况下，在１８０和２４０Ｋ之间，蛋白质中原子的动力学会突然增加，这一现象被称为蛋白 ［６］ 质的动力学转变（ｐｒｏｔｅｉｎｄｙｎａｍｉｃａｌｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ，ＰＤＴ） ，此外解折叠态的蛋白质表面水的转动速率大约是 ［７］ 折叠态表面水的转动速率的２倍 。 中性的尿素分子因其可以在常温下使蛋白质变性且变性过程可逆而被广泛用于研究蛋白质折叠和 ［４］ ［８］ 稳定性 ，但是其使蛋白质变性的机理还不是十分清楚 。目前，提出的两个主要机理分别是：１）尿素 通过改变蛋白质表面水分子的结构而减弱了水分子的疏水作用，进而使蛋白质变性的间接作用机 ［９］