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全基因组复制;一、一些概念 二、两个分析点 三、三个问题;全基因组加倍（Whole Genome Duplication，WGD，又称全基因组复制或全基因组多倍化）是生物演化史上的重要事件，在物种起源、基因组扩张等多方面有重要意义。 至少35万余种被子植物和2.5万余种鱼类曾发生过全基因组加倍事件。推测这些事件发生的时间，发现在侏罗纪（Jurassic）灭绝事件的时间段前后有着大量的全基因组加倍事件；而在寒武纪（Cambrian）物种爆发事件前后，大部分物种经历了两次以上的全基因组加倍事件。这些现象提示了全基因组加倍事件在物种演化过程中是一个极为重要的推动力。 酿酒酵母是第一个报道的发生WGD的真核基因组。 水稻是第一个报道的发生WGD的大型植物基因组。 基因组学（杨焕明编著） ;WGD;一、一些概念;4倍简并位点（fourfold degenerate site）：如果密码子的某??位点上任何核苷酸都编码同样的氨基酸，则称这个位点为4倍简并位点。例如甘氨酸密码子（GGA, GGG, GGC, GGU）的第三个位点就是一个4倍简并位点，因为这个位点上所有的核苷酸替换（无论是A、G、U、C）都是同义的，即编码同一个氨基酸。只有某些密码子的第三个位点可能是4倍简并位点。;二、两个分析点;首先进行两个物种之间的BLASTP比对。选取orthologous pairwise