乳酸菌LactococcuslactisIL1403代谢网路.PDFVIP

乳酸菌Lactococcus lactis IL1403代謝網路之特徵探究 黃聖 堯 鍾翊方 國立陽明大學生物醫學資訊所 國立陽明大學生物醫學資訊所 .tw ifchung@.tw 楊思韻 王逢盛 國立陽明大學生物醫學資訊所 國立中正大學化學工程所 .tw chmfsw@.tw 究中報導，益生菌在多種腸胃道不適症的 摘要 治療上做為媒介非常有效 [1] 。由於乳酸菌 在 此 研 究 中 ， 我 們 以 乳 酸 菌 有潛力安全地、有效率地產生食物的營養 (Lactococcus lactis IL1403)為例，進行代謝 成分，已成為這個領域學術上和工業上最 網路特徵的探究。首先，我們應用反置通 重要的焦點。除此之外，乳酸菌也是在治 量分析方法，以獲得整體代謝網路內部通 療上扮演重要角色的異質性蛋白質和胜肽 量的調控情況。此作法可讓我們以部分的 之生產及運輸的好的代表媒介。很多乳酸 已知通量而推算其他未知通量，並且可利 菌有抗酸性因而能在膽汁中生存，所以能 用此一方式了解調變某一代謝體的通量 夠作為疫苗 antigen的運輸媒介 [3] 。 時，其對整個代謝網路的影響。此外，我 為深入探究乳酸菌，本研究採用乳酸 們使用基本通量模式找出構成代謝網路反 菌 (Lactococcus lactis IL1403)的糖解代謝 應的基本路徑，並配合二項式規劃的最適 網路，以檢視其在穩態下的特性。這邊我 化分析方式，找出代謝網路中具有顯著重 們採用兩種策略來進行此研究： (1) 利用 要性的反應路徑。 反置通量分析 (Inverse flux analysis)以瞭解 關鍵詞 ：代謝網路，反置通量，基本通量 整體代謝網路內部通量的調控情況。此處 模式，二項式規劃，乳酸菌 目的是希望可透過部分已知通量而推得其 他未知通量，並可針對部份通量的擾動來 觀察其他內部通量的變化。另外我們更可 一、緒論 透過矩陣求解方程組的特性，得知如何改 乳酸菌常存在於富含營養的環境 變已知通量及未知通量的組合，這將可進 中，例如牛乳、肉類、起司、正在分解的 一步應用在實驗條件不同時，未知量測數 植物和哺乳類的腸道，他們屬於低 GC含 據的求解。(2) 基本通量模式(Elementary 量、格蘭式陽性菌。乳酸菌通常被用在農 flux modes, EFM)配 合 二 項 式 規 劃 產品工業，主要是因為他們能將環境週遭 (Quadratic programming) 的最適化分析方 的醣類迅速轉為一種主要的發酵產品─乳 式，以找出代謝網路中具有顯著重要性的 酸，這個特性使