基于高通量测序研究草莓根际微生物群落结构和多样性.docVIP

基于高通量测序研究草莓根际微生物群落结构和多样性基金项目: 江苏省现代农业研究开发示范类项目(BE2016369); 基金项目: 江苏省现代农业研究开发示范类项目(BE2016369); 江苏省农业三新工程项目(SXGC[2017]261) *通讯作者: 赵密珍 E-mail: HYPERLINK mailto:njzhaomz@163.com njzhaomz@163.com 作者简介: 赵帆(1993—)，男，江苏南京人，硕士研究生，主要从事农业生态系统研究。E-mail:843003818@ 赵 帆1,2, 赵密珍1*, 王 钰2, 关 玲1, 庞夫花1 ( 1. 江苏省农业科学院果树研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室 南京 210014; 2. 安徽大学资源与环境工程学院 合肥 230601) 摘 要: 研究草莓根际土壤微生物群落组成和结构，对健康草莓土壤生态系统的构建和保持具有重要意义。以不同地区草莓根际土壤为研究样本，利用Miseq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S rRNA基因V4+V5区域和真菌ITS1+ITS2区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。结果表明: 从15个草莓根际土壤样本中获得4554个细菌分类操作单元OTU和1298个真菌OTU，草莓根际土壤的优势细菌门为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门、酸杆菌门和绿弯菌门，主要的优势细菌属有16种; 优势真菌门为子囊菌门、接合菌门和担子菌门，主要的优势真菌属有8种。冗余分析(RDA)显示，全氮和pH值对土壤微生物群落结构的影响最大，共解释了61%的群落变化，各因子的贡献率大小依次为土壤全氮pH速效磷全钾全磷有机质速效钾碱解氮，相关性分析也表明，土壤理化指标均与不同优势菌门存在密切的相关关系。研究结果加深了对草莓根际微生物群落结构和多样性的认识，为深入研究草莓根际微生物多样性及功能与环境因子之间的关系提供了借鉴。 关键词: 草莓; 根际土壤; Illumina高通量测序; 土壤微生物群落; 土壤理化性质 中图分类号：S663.9 草莓(Fragaria ananassa Duch.)属蔷薇科(Rosaceae)草莓属植物，是一种营养价值和经济价值较高的水果，因其色、香、味俱佳，深受消费者青睐。草莓在同一地块上连续种植两年以上，地下病虫害逐年加重，草莓长势逐年变弱，表现为植株发育受阻，甚至死亡；果品质量逐年变劣，产量逐年下降。特别是近年来设施农业的快速发展，设施草莓栽培面积逐渐增加，草莓连作障碍发生越来越严重[1]，严重制约了草莓产业的发展，亟待解决。土壤根际环境是一个特殊的生态系统，它与非根际土壤在生物学、化学等特性上具有显著差异[2]。土壤根际环境受植物根系的影响，是有益微生物及有害微生物同宿主植物发生相互作用的一个区域，蕴含着充足的微生物资源[3]。土壤微生物能促进土壤有机质的分解及土壤养分的转化，对维持土壤质量及推动土壤的健康发展具有十分重要的作用[4]。土壤微生物能够影响土壤养分的吸收和转化，微生物群落结构的失衡是连作障碍的主要原因[5]。传统的土壤微生物研究方法如微生物平板培养法、生物标记法、Biolog鉴定系统法等[6]会过低估计土壤微生物的群落结构组成，很难详细描述出土壤微生物的群落结构组成方面的信息，也无法描述不同群体的生理差异。第二代测序Illumina MiSeq方法有效避免了通量低、操作复杂和准确率低等缺陷[6-7]，具有操作简单和成本较低的优势，并采用边合成边测序原理，结果可信度高。MiSeq高通量测序平台，不仅实现了对多样品的多个可变区同时测序，而且在测序速度和测序通量上都进一步得到提升。目前此平台在微生物多样性群落结构研究方面得到了广泛的应用[8-9]。一些研究发现随着草莓连作程度的加深，根际土壤中细菌数量逐渐降低，真菌数量逐渐增加，细菌和真菌的比值逐渐降低，土壤微生物由“细菌型”向“真菌型”转变，说明土壤真菌与草莓连作的关系密切，其中病原真菌是草莓连作障碍因子之一，主要包括镰刀菌属、轮枝菌属、丝核菌属、腐霉属、疫霉属、拟盘多毛孢属和炭疽菌属致病真菌。国内以镰刀菌和丝核菌为主[10]。草莓根际土壤微生物群落组成和结构目前还不清楚，本研究以不同地区草莓根际土壤为材料，采用高通量测序技术，探讨不同地区草莓根际土壤微生物群落组成和结构，以期为草莓连作障碍根际微生物调控提供理论依据。（以期为草莓根际微生态环境研究提供理论依据。） 1 材料与方法 试验于2016年9—11月在江苏省农业科学院草莓温室大棚进行。 1.1 试验材料 试材为生长整齐一致的三叶一心期‘紫金久红’草莓苗; 盆栽土壤分别采集于江苏省4个地区草莓连作大棚0~20 cm土层，分别是溧水白马(BM)、邳州港上(G)、东