小鼠神经元轴突生长锥CDK5相关磷酸化蛋白质组学分析.pdf

华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文 用 GPS2.1 和 Scansite 中的高严谨度对质谱结果中的各个蛋白进行分析，预测它们 被 CDK5 磷酸化的可能位点，结果发现与 GPS2.1 预测结果吻合的位点数为 2614 个，而 与 Scansite 预测的位点相符合的共有 282 个。同时与 GPS 2.1 和 Scansite 3 两种软件的预 测结果相吻合的位点数有 190 个。 通过在线 PhosphoSitePlus 分析以及文献检索，对这 190 个的位点进行逐类分析。发 现其中大多数的位点是未被实验验证过的新的位点。在 9 个已被单点验证过的位点中， 只有 3 个是 CDK5 磷酸化的位点。通过蛋白功能分类发现，其中比例最多的蛋白类型为 激酶类蛋白、骨架类蛋白和未知功能的蛋白，按类别分别选取了其中与轴突生长和导向 相关的 2 种蛋白进行实验验证。 对这 2 种蛋白进行体外磷酸化单点验证。DNA 测序结果表明目的 DNA 片段已成功 插入载体中。考马斯亮蓝染色后也验证了蛋白体外成功诱导表达。激酶反应和免疫印迹 的结果也证实这2 种蛋白可以在体外被 CDK5 磷酸化，从而验证了生物信息学的预测结 果。 结论 本研究通过高通量蛋白质谱技术和生物信息学相结合的方法绘制了 CDK