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miRNA命名规范 　一、miRNA的定义 　　miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约20～23个核苷酸的非编码RNA，通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。 　　miRNA在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。 　　二、miRNA数据库 　　miRBase序列数据库是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一，提供公布的miRNA序列及注释信息。目前miRBase(Release 18.0)记录了18226个miRNA。 　　三、miRNA名称与编号 　　1) miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例) 　　①确定命名规则之前发现的miRNA，则保留原来名字，如hsa-let-7。 　　②miRNA成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122； 　　③高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等； 　　④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面机上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2； 　　⑤通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA。 　　以前的做法是：表达水平较高的miRNA后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA就根本不出现。 　　而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。 　　在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。 　　注意：miRBase 18.0对miRNA成熟体的名称进行了大量的修改，很多带“*”的miRNA都变成了“-5p”或“-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名称。 　　案例请见： HYPERLINK /cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442 /cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442 　　2) miRNA编号及名称(以动物miRNA为例) 　　miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列，其中： 　　① miRNA前体 　　发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442。 　　② miRNA成熟体 　　大约20～23nt的miRNA成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122有两个成熟体，其中之一ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ，Accession为 MIMAT000 4590。 　　案例请见： HYPERLINK /cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442 /cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442 　　3) 不同物种命名方式差别 　　①动物： 　　miRNA前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122； 　　miRNA成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p； 　　②植物： 　　miRNA前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”； 　　miRNA成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”； 　　③ 病毒： 　　miRNA前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1； 　　miRNA成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1。　　四、miRNA加工及作用机制(以动物为例) 　　miRNA是一类基因组转录出来的基因表达调控元件编码基因，在动物中多位于基因间隔区及基因内含子。 　　1) 绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构