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2019-03-05 发布于天津
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* 生物信息学 Bioinformatics 巩晶癌症研究中心山东大学医学院 2015.12.11 第八章基本序列算法序列：SDSDFSDFG = SDSDFSDFG$ 1: SDSDFSDFG$ 2: DSDFSDFG$ 3: SDFSDFG$ 4: DFSDFG$ 5: FSDFG$ 6: SDFG$ 7: DFG$ 8: FG$ 9: G$ 8.1 后缀树字符串S：SDSDFSDFG 功能：1. 查找字符串s是否在字符串S中: 从树根开始，与s的字符逐一比对。s1: DFSD（在）; s2: SDFD （不在） 8.1 后缀树字符串S：SDSDFSDFG 功能：2. 找指定字符串s在字符串S中的重复次数：从树根开始，按照功能1的办法找到s，然后看s之后有几片树叶。s1: SD（3次）; s2: DF（2次） S D S D F S D F G 位置 1 2 3 4 5 6 7 8 9 8.1 后缀树字符串S：SDSDFSDFG 功能：3. 找字符串S中的最长重复子串：找到从树根到所有节点（非叶片）的子字符串，从中找到最长的。SDF 8.1 后缀树序列：SDSDFSD 1: SDSDFSD$ 2: DSDFSD$ 3: SDFSD$ 4: DFSD$ 5: FSD$ 6: SD$ 7: D$ 8: $ 字符串S：SDSDFSDFG $的作用：如果某一个后缀是另一个后缀的前缀，那么需要用$标识出一个独立的叶片。 8.1 后缀树 Input: 一个序列(a1,…,an)∈Rn Output: 一个子序列(ai,…,aj)，使得函数f(i, j)最大， f(i, j) = ∑ ah j h=i 最短原则：在几个子序列同时拥有最高分时，如果某一个完全包含在另一之内，则只返回被包含的那一个。 8.2 最高分子序列问题生物学应用：（1）预测蛋白质序列跨膜区域。疏水氨基酸[0, 3]，亲水氨基酸[-5,0]。 8.2 最高分子序列问题生物学应用：（2）预测DNA序列中富含GC区域。G, C给正分；A,T给负分。 8.2 最高分子序列问题 *