并行化光滑分子动力学方法及其与分子动力学的耦合-计算动力学.PDF

第 25 卷 第 6 期 计 　　算 　　物 　　理 Vol. 25 ,No. 6 　 2008 年 11 月 　CHINESE JOURNAL OF COMPUTATIONAL PHYSICS 　 Nov. , 2008 ( ) [文章编号] 　1001246X 2008 并行化光滑分子动力学方法及其与分子动力学的耦合 王汉奎 , 　张 　雄 , 　刘 　岩 (清华大学航天航空学院 , 北京 　100084) [摘 　要] 　提出光滑分子动力学方法 ( SMD) 的并行化计算方法 , 编制光滑分子动力学以及光滑分子动力学 - 分子动力学 ( SMDMD) 耦合的并行程序 , 并分析铜纳米单晶的单向拉伸和带裂纹板的拉伸问题. 光滑分子动力 学在分子动力学基础上引入背景网格 , 在背景网格点上求解运动方程 , 由此将控制 MD 临界时间步长的因素化为 背景网格单元尺寸 , 扩大可用的时间积分步长 , 缩短总计算时间. 通过单晶拉伸和带裂纹板拉伸等较大规模问 题的计算 , 验证方法的正确性. 与传统分子动力学相比 , SMD 和 SMDMD 耦合方法可以节约计算时间. [ 关键词] 　光滑分子动力学 ; 并行处理 ; 多尺度计算 ; 多时间步 [ 中图分类号] 　O3461 [文献标识码] 　A 0 　引言 计算机硬件的发展和算法的不断优化 ,使得大规模仿真成为可能. 自上世纪 60 年代[1 ] 以来 ,分子动力学 逐渐成为计算物理学 、计算材料学和计算力学中广泛使用的一种方法. 分子动力学模拟不受实验条件限制 , 可以得到实验无法测量的数据 ,可以从微观角度考查物理量的变化. 但受计算机存储和计算速度的限制 ,分 子动力学可以模拟的空间尺度和时间尺度都很小. 分子动力学模拟中大多数原子在做高频热振动 ,为使计算 ( - 15 ) 不发散 ,计算时间步长受系统最小振动周期限制 ,大多取fs 10 s 量级. 即使计算上百万步 ,也只能模拟 ns ( - 9 ) 10 s 级现象 ,与常规实验相去甚远. 并且计算时间越长 ,计算累积误差越大 ,计算结果的可信度就会下降. 即使采用高性能计算机 ,分子动力学可以计算的空间尺度和时间尺度也是很有限的. 1 　光滑分子动力学 经典分子动力学是将组成系统的微观粒子( ) 原子 视为经典粒子 ,粒子与粒子间相互作用由原子势函数 确定 ,每个粒子服从牛顿运动定律 ,求解每个粒子的运动方程 ,进而得出整个粒子构成系统的一些物理量随 时间的变化. 分子动力学的时间积分步长通常取 10- 15 ～10- 14 s. 受计算机计算能力的限制 ,分子动力学模拟 的时间尺度在 10 ns 以下. 光滑分子动力学采用了物质点法[4 ,5 ] 的求解格式. 物质点法是将连续体离散为一系列物质点 ,物质点携 带了密度 、速度和应力等各种物理量 ,并根据所受的外力和内力在背景网格中运动. 在每一时间步 ,首先建立 背景网格 ,将背景网格与物质点固连 ,物质信息映射到背景网格并在背景网格上求解运动方程 ;然后将求解 结果映射回物质点 ,得到下一时刻物质点信息. 物质点法的临界时间步长由背景网格大小决定 ,克服了有限 元中网格畸变引起的时间步长减小的问题 ,适用于冲击 、碰撞和爆炸等过程的数值模拟. [6 ,7 ] ( ) ( )