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《纤维小体综述》
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纤维素是地球上最丰富的可再生资源。我国森林资源虽然不丰富,但我国是一个农业大国,农作物秸秆相当丰富,除了很少一部分被利用外绝大多数以废弃物的形式存在环境中,或被焚烧产生大量的废弃污染环境。如何充分开发利用这类丰富的可再生资源使其转化为人类急需的能源是全世界研究的热点问题。目前纤维素降解的主要方法有化学法和生物法。而化学法工业降解纤维素会产生大量的污染物对环境造成一定的损害。生物方法降解纤维素主要利用产纤维小体的纤维素降解菌对纤维素进行高效的降解。从而实现生态环境的绿色环保可持续发展,因而纤维小体降解纤维素引起了人们的高度重视。纤维小体的结构、降解机制和对产纤维小体菌的改造的研究,对进一步提高纤维素的生物降解具有重要的意义。
1纤维素的结构
地球上数量最大的有机化合物是糖类,而糖类中又以纤维素(cellulose)所占比例最大,约占植物界碳素总量的50%以上。高等植物的化学成分复杂,主要由纤维素、半纤维素和木质素三大部分组成。作物秸秆中纤维素含量达40~50%,木材中纤维素的含量达50%,而棉花中90%都是纤维素。纤维素分子程不分支长链,纤维素化学结构是由β-D-葡萄糖在1,4碳原子之间键接而成。简单分子式为(C6H12O6)n。其化学结构用霍沃思式表示为由许多D-葡萄糖基(1-5结环),藉1-4,β-型连接起来的,而且连接在环上碳原子两端的0H和H位置不相同,所以具有不同的性质。其中n为聚合度。在天然纤维素中可达10000~15000;再生纤维素的聚合度通常为200~800。在一个样品中,各个高分子的聚合度可以不同,具有多样性。
纤维素与很多其他高聚物一样是多晶,即由无数微晶体与非晶区交织在一起的。其结晶程度视纤维品种而异。纤维素本身的线性巨分子结构、高结晶度和难溶性使其抗逆性很强,自然降解非常困难。因此利用纤维小体的多酶组合降解纤维素是一条高效降解和转化的途径。
2纤维小体
最初人们认为,纤维小体只是介导微生物与纤维素相连接的一种桥梁结构,所以称之为纤维素结合因子(CBF),但随着对纤维小体的进一步研究,最终Doi给出了纤维小体的准确定义:纤维小体是一种具有降解纤维素、半纤维素和胶质能力的大量胞外酶复合物。纤维小体有可能是自然界中最大的胞外酶复合体。
2.1 纤维小体的组装
纤维小体结构比较复杂,探究纤维小体的结构组成对纤维小体降解纤维素以及对纤维小体的人工改造具有重大的意义。纤维小体最先由Lamed和Bayer[1]从梭热杆菌中发现,其包括催化域、锚定域、粘附域、碳水化合物结合域(CBM)和细胞壁结合域(SLH)。脚手架蛋白是无催化活性的多肽,是纤维小体的框架结构,包含9个非常相似的Ⅰ型粘连蛋白,彼此之间通过连接片断隔开[2]。一个碳水化合物结合模块(CBM)[3-5]。一个未知功能的X结构域和一个C-端Ⅱ型对接蛋白。Ⅱ型对接蛋白结合一个Ⅱ型粘连蛋白通过SLH模块介导纤维小体吸附到细胞表面。多个催化域通过Ⅰ型对接蛋白和Ⅰ型粘连蛋白的相互作用结合到脚手架蛋白上,装配成完整的纤维小体。示意图待画
2.2 对接蛋白和粘连蛋白
通常Ⅰ型对接蛋白和Ⅰ型粘连蛋白具有极高的亲和性。实验证明[6-8]热纤梭菌中Ⅰ型对接蛋白和Ⅰ型粘连蛋白的相互作用是已知的最强的蛋白间相互作用之一。Ⅰ型粘连蛋白模块的晶体结构为一个圆锥形的分子,该分子中存在九片层β三明治(β-Sandwich)构成的泛芳香族核心[9]。Ⅱ型粘连蛋白的结构也已测定,其拓扑结构似果冻卷形,并附有三个二级结构,包括一个α螺旋和两个与正常β-链结构不同的“β-瓣”(β-flaps)结构[10-12]。现在所知的所有对接蛋白模块均有9~16个残基所连接的两条各含22个残基的重复序列构成[13]。对接蛋白的截断-重组实验表明对接蛋白的两个片段均为结合必不可少的[6,14]。
2.3 CBM和SLH
碳水化合物结合域(CBM),一般认为其功能是负责将纤维小体锚定在相应的底物上,并且可能具有破坏纤维素表面的能力。并不是所有的纤维小体都具有CBM,(瘤胃球菌的纤维小体就没有发现CBM,其纤维小体与底物结合可能由其他结构域所执行)。大量实验证明,将催化结构域结合上CBM可以明显增强其降解结晶纤维素的能力。纤维小体有CBM的结构比没有CBM的纤维素降解能力提高三倍。催化组分具有的CBM分属于不同的CBM家族,他们与特定酶组分结合,作用于特定的底物或底物的特定位点。SLH模块具有介导纤维小体吸附到细胞表面的功能。SLH结构域与次生壁上的N-乙酰葡萄糖胺、N-乙酰甘露糖胺和丙酮
酸[15,16]相结合,增强蛋白质对细胞表面的附着
2.4 催化域
纤维小体的催化结构域是多种纤维素水解酶的复合体,包含内切纤维素酶(CX)、外切
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