MEGA5 Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传学分析.pdfVIP

MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis 西北农林科技大学生物信息学中心 Maoyuanhui@163.com 1．序列格式 序列格式指的是序列存储是所遵循的规范。生物信息学常见的用于进化分析 的序列格式有： FASTA, PAUP, PHYLIP, GCG, PIR 等。其中前三种最为常用。 FASTA 格式 （文件名一般用fa, fasta, fas 等后缀名标示）： 序列名称 序列 PAUP 格式（文件名一般用nexus, nex 等标示）： 其中ntax 指明了五种的数量， nchar 表示比对后序列的长度，missin 指的是 如果序列中存在位置位点，用？表示，symbols （本行可以没有）指的是序列 中包含的字符，interleave 表示序列是否换行，如果写成interleave=no 则表 示每个物种的序列都只占一行而不换行。 Datatype 表示序列的类型，gap 表 示序列中插入缺失位点用‘- ’表示。整个文件末尾以分号（”;” ）结束。 PHYLIP 格式（后缀名一遍用phy 标示） 第一行指明物种数量和序列长度，序列可分行或者不分行输出。需要注意的 是PHYLIP 格式物种名不能超过十个字符，超出部分将被自动舍弃。 2．使用MEGA 进行进化分析 进化分析的核心观念是：决定结果好坏的不是软件或者分析使用的方法，而 是序列的质量。 1） 准备数据 从数据库上下载一组同源序列，要求序列长度（核酸）在500-1500 之间， 物种数目在10-20 之间，比对后序列插入缺失比例不超过20% 。把数据保 存为FASTA 格式。 MEGA 可以识别多种序列格式。其中如果是没有比对的序列，最好使用 FASTA 格式。如果是必读后的序列，可以使用 PHYLIP 或者 FASTA，MEGA 会自动转换序列格式。 另外需要说明的是MEGA 分析需要的序列格式是MAS 或者MEG，其他的 格式会提示自动转换。 2 ） 序列比对 （如果是已经比对好的序列可跳过次步骤） 点击Align-Edit/Build a Alignment，出现对话框有三个选项，如果你手头 有比对好的mas 格式的文件，选择第二个选项，Open a saved alignment session，否则，选择1 （创建新的比对）或3 （从文件输入序列）。 这里我们先选择第一个选项,点击OK 。然后出现对话框，询问你的序列类 型，如果是核酸序列，点击 DNA，如果是蛋白质序列，选择 Protein，如 果不输入序列，选择Cancel 。 选择 DNA, 出现新窗口 Alignment Explorer, 点主菜单 Data-open-retrieve sequences from file 。 选择你的序列文件，点打开，文件中的序列出现在窗口中 点击Edit-Select All 选中所有序列，然后点击Alignment ，可以选择Align by ClustalW 或者Align by Muscle 。 选择中会弹出如下对话框 比对参数设置和ClustalW 设置类似。 点击OK 后，得到比对结果。 此时可以通过File-Save 保存比对结果。 3 ） 构建进化树 点击主菜单File-Open a File/session，选择刚保存的mas 文件.主窗口出现 所选择文件的图标。 确定最佳的构树模型 构树模型指的是构建进化树时，我们使用的核苷酸（氨基酸）替换模型。 常见的替换模型有： 单参数替换模型：该模型不区分替换类型（例如A-T 的替换和A-G 的替 换将被视为同一种替换），基