生物竞赛-生物信息学部分-核酸序列比较.pptVIP

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2019-03-07 发布于广东
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生物竞赛-生物信息学部分-核酸序列比较.ppt

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* s(0,0) = 0 s(0,j) = gap * j, 1=j=m s(i,0) = gap * i, 1=i=n s(i-1,j-1) + w(i,j) s(i,j) = max s(i-1,j) + gap s(i,j-1) + gap Needleman-Wunsch算法，1970年，Saul Needleman和Christian Wunsch两人首先将动态规划算法应用于两条序列的全局比对，这个算法后称为Needleman-Wunsch算法。 A G C T - A 10 -1 -3 -4 -5 G -1 7 -5 -3 C -3 -5 9 0 T -4 -3 0 8 - -5 替换记分矩阵得分矩阵 A C G T C 0 -5 -10 -15 -20 -25 A A T C 0 1 2 3 4 5 序列 p 0 1 2 3 序列 q 4 对于：序列p：ACGTC 序列q：AATC m=length(p) n=length(q) gap = -5 s(i,j)是按照替换记分矩阵得到的前缀q[1…i]与p[1…j]最大相似性的得分。 w(i,j)是字符q[i]和p[j]按照替换记分矩阵计算的得分 5.1 双序列比对：全局比对 * s(0,0) = 0 s(0,j) = gap * j, 1=j=m s(i,0) = gap * i, 1=i=n s(i-1,j-1) + w(i,j) s(i,j) = max s(i-1,j) + gap s(i,j-1) + gap Needleman-Wunsch算法，1970年，Saul Needleman和Christian Wunsch两人首先将动态规划算法应用于两条序列的全局比对，这个算法后称为Needleman-Wunsch算法。 A G C T - A 10 -1 -3 -4 -5 G -1 7 -5 -3 C -3 -5 9 0 T -4 -3 0 8 - -5 替换记分矩阵得分矩阵 A C G T C 0 -5 -10 -15 -20 -25 A -5 A -10 T -15 C -20 0 1 2 3 4 5 序列 p 0 1 2 3 序列 q 4 对于：序列p：ACGTC 序列q：AATC m=length(p) n=length(q) gap = -5 s(i,j)是按照替换记分矩阵得到的前缀q[1…i]与p[1…j]最大相似性的得分。 w(i,j)是字符q[i]和p[j]按照替换记分矩阵计算的得分 5.1 双序列比对：全局比对 * s(0,0) = 0 s(0,j) = gap * j, 1=j=m s(i,0) = gap * i, 1=i=n s(i-1,j-1) + w(i,j) s(i,j) = max s(i-1,j) + gap s(i,j-1) + gap Needleman-Wunsch算法，1970年，Saul Needleman和Christian Wunsch两人首先将动态规划算法应用于两条序列的全局比对，这个算法后称为Needleman-Wunsch算法。 A G C T - A 10 -1 -3 -4 -5 G -1 7 -5 -3 C -3 -5 9 0 T -4 -3 0 8 - -5 替换记分矩阵得分矩阵 A C G T C 0 -5 -10 -15 -20 -25 A -5 10 A -10 T -15 C -20 0 1 2 3 4 5 序列 p 0 1 2 3 序列 q 4 对于：序列p：ACGTC 序列q：AATC m=length(p) n=length(q) gap = -5 s(i,j)是按照替换记分矩阵得到的前缀q[1…i]与p[1…j]最大相似性的得分。 w(i,j)是字符q[i]和p[j]按照替换记分矩阵计算的得分 5.1 双序列比对：全局比对 s(0,0) + w(1,1) = 0 + 10 = 10 s(1,1) = max s(0,1) + gap = -5 + -5