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裸子植物亞門 柏科 刺柏、香青 松科 台灣冷杉、台灣雲杉、台灣華山松、台灣二葉松、台灣鐵杉 雙子葉植物綱 楓樹科 川上氏槭 繖形科 玉山當歸、玉山彎柱芎、阿里山天胡荽、山薰香、臭根、玉山茴香、五葉山芹菜、竊衣 冬青科 苗栗冬青、雲南冬青 五加科 台灣常春藤、台灣鵝掌柴 菊科 台灣鬼督郵、玉山抱莖籟簫、尼泊爾籟簫、能高籟簫、艾、山艾、細葉山艾、高山艾、台灣馬蘭、黃金珠、阿里山薊、鱗毛薊、細川氏薊、玉山薊、加拿大蓬、白頂飛蓬、福山氏飛蓬、台灣澤蘭、粗毛小米菊、假秋鼠麴草、秋鼠麴草、細葉鼠麴草、鼠麴草、絲綿草、匙葉鼠麴草、森氏山柳菊、貓兒菊、能高刀傷草、兔仔菜、玉山薄雪草、高山橐吾、矮菊、台灣劉寄奴、台灣福王草、能高蟹甲草、台灣款冬、玉山毛連菜、高山青木香、黃菀、裂葉蔓黃菀、歐洲黃菀、一枝黃花、苦滇菜、台灣黃鵪菜 鳳仙花科 紫花鳳仙花 小檗科 高山小蘗、台灣小蘗、玉山小蘗、十大功勞 樺木科 台灣赤楊 紫草科 高山倒提壺 十字花科 台灣筷子芥、玉山筷子芥、齒葉南芥、山芥菜、台灣山芥菜、薺、葶藶 桔梗科 玉山沙參、高山沙參、玉山山奶草、山桔梗 忍冬科 阿里山忍冬、川上氏忍冬、樺葉莢蒾、小葉莢蒾 石竹科 無心菜、亞毛無心菜、高山無心菜、卷耳、玉山卷耳、玉山石竹、瓜槌草、狗筋蔓、玉山蠅子草、繁縷、網脈繁縷、天蓬草、疏花繁縷 金絲桃科 玉山金絲桃、短柄金絲桃 馬桑科 台灣馬桑 景天科 玉山佛甲草、能高佛甲草、穗花八寶 續斷科 玉山山蘿蔔 胡頹子科 鄧氏胡頹子、小葉胡頹子 杜鵑花科 高山白珠樹、玉山杜鵑、紅毛杜鵑、台灣高山杜鵑、毛蕊花、高山越橘 豆科 黃菽草、紅菽草、菽草 紫菫科 彎果黃菫、黃菫 龍膽科 阿里山龍膽、台灣龍膽、黃斑龍膽、玉山龍膽、黑斑龍膽、翼萼蔓、大籽當藥、高山當藥、玉山肺形草、小葉肺形草 牻牛兒苗科 單花牻牛兒苗、牻牛兒苗、山牻牛兒苗 唇形科 風輪菜、疏花風輪菜、台灣風輪菜、野薄荷、高山夏枯草、阿里山紫花鼠尾草 錦葵科 輪葉蜀葵 木犀科 異葉木犀 柳葉菜科 高山露珠草、黑龍江柳葉菜、合歡柳葉菜、彭氏柳葉菜、闊柱柳葉菜、台灣柳葉菜 列當科 丁座草、假野菰 酢漿草科 台灣山酢漿草 車前科 大車前草 遠志科 瓜子金 蓼科 高山蓼、玉山蓼、虎杖、小酸模、羊蹄、大羊蹄 報春花科 玉山櫻草 鹿蹄草科 水晶蘭、阿里山水晶蘭、日本愛冬葉、單花鹿蹄草、錫杖花、斑紋鹿蹄草、玉山鹿蹄草 毛茛科 台灣烏頭、匍枝銀蓮花、小白頭翁、森氏鐵線蓮、小木通、繡球藤、高山鐵線蓮、掌葉毛莨、蓬萊毛茛、高山毛茛、鹿場毛茛、密葉唐松草、傅氏唐松草、台灣金蓮花 鼠李科 小葉鼠李、畢祿山鼠李 薔薇科 細尖栒子、平枝鋪地蜈蚣、玉山舖地蜈蚣、高山栒子、台灣蚊子草、台灣草莓、玉山假沙梨、玉山金梅、高山飜白草、假皂莢、台灣稠李、阿里山櫻花、玉山野薔薇、高山薔薇、虎婆刺、白絨懸鉤子、小梣葉懸鉤子、刺萼寒梅、毛刺懸鉤子、高山懸鉤子、刺花懸鉤子、台灣莓、苦懸鉤子、五蕊莓、巒大花楸、台灣繡線菊、假繡線菊、玉山繡線菊、笑靨花 茜草科 刺果豬殃殃、圓葉豬殃殃、深柱夢草、紅藤仔草、金劍草 楊柳科 褐毛柳、白毛柳、台灣山柳、高山柳 虎耳草科 落新婦、阿里山落新婦、大武貓兒眼睛草、台灣貓兒眼睛草、大葉溲疏、藤繡球、大枝掛繡球、台灣嗩吶草、梅花草、台灣茶藨子 玄參科 海螺菊、玉山小米草、腰只花、馬先蒿、玉山水苦藚、貧子水苦藚、阿拉伯婆婆納 茶科 厚葉柃木 纖花草科 台灣纖花草 瑞香科 台灣瑞香、白花瑞香、玉山瑞香 雙參科 三萼花草 蕁麻科 裂葉樓梯草、長梗盤花麻、台灣蕁麻、蕁麻 敗醬科 纈草、嫩莖纈草、高山纈草 菫菜科 箭葉菫菜、雙黃花菫菜、雪山菫菜、 單子葉植物綱 天南星科 台灣天南星 莎草科 束草、黃花薹、劉氏薹、聚生穗序薹、油薹、玉山針藺 燈心草科 燈心草、玉山燈心草、台灣糠星草、台灣地楊梅 百合科 台灣粉條兒菜、狹葉七葉一枝花、台灣百合、鹿藥、間型沿階草、延齡草、台灣藜蘆、雪山黎蘆 蘭科 高山雛蘭、高山金蘭、窩舌蘭、一莖九華、小老虎七、一點紅、奇萊喜普鞋蘭、南湖斑葉蘭、斑葉蘭、腳根蘭、大花雙葉蘭、梅峰雙葉蘭、玉山雙葉蘭、南湖雙葉蘭、阿里山小柱蘭、阿里山全唇蘭、短距粉蝶蘭、長葉蜻蛉蘭、長距粉蝶蘭、厚唇粉蝶蘭、高山粉蝶蘭 禾本科 台灣鵝觀草、翦股穎、阿里山翦股穎、玉山翦股穎、小穎溝稃草、川上短柄草、基隆短柄草、大扁雀麥、玉山雀麥、髮草、曲芒髮草、日本羊茅、高砂羊茅、羊茅、紫羊茅、冷杉異燕麥、黑麥草、芒、高山梯牧草、早熟禾、白頂早熟禾、高山早熟禾、棒頭草、台灣三毛草、鼠茅、玉山箭竹 菝葜科 玉山菝葜