基于卵巢RNA组学鉴定影响猪产仔数性状的候选基因及microRNA-动物遗传育种与繁殖专业论文.docx

摘要产仔数性状是养猪生产中重要的经济指标，而卵巢作为机体最重要的生殖器官，其较高的排卵数是高产仔数的前提条件。然而猪产仔数性状属于低遗传力性状(约为0．1)，所以众多育种学者一直在探究提高猪产仔数的新途径。转录组(RNA—seq)和小RNA测序(microRNA—seq)能针对某一功能状态下特定细胞组织挖掘出所有的基因和miRNA。其中miRNA作为一类重要的非编码小RNA，参与靶基因转录后调控。对二者进行整合分析，能够准确、快速的鉴定筛选出影响猪产仔数的关键基因、miRNA和GO(GeneOntology)条目／KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)通路，深入对猪产仔数分子调控的机理研究。本研究以极端高(YH)、低(YL)产仔数的约克夏母猪为试验对象，进行了如下试验：(1)进行了高、低产约克夏母猪卵巢转录组高通量测序，揭示了卵巢基因表达情况，分析了高、低产母猪卵巢转录组特点，探明了高、低产母猪卵巢基因差异表达情况，对差异表达基因(differentiallyexpressedgenes，DEG)进行GO富集和KEGG通路分析，探讨目标DEG潜在的生物学功能；(2)进行了高、低产约克夏母猪卵巢小RNA组高通量测序，揭示了卵巢miRNA表达情况，分析了高、低产母猪卵巢miRNA特征，探明了高、低产母猪卵巢miRNA差异表达情况，对差异表达miRNA(differentiallyexpressedmiRNAs，DEM)预测的靶基因进行GO富集和KEGG通路分析，探讨目标DEM潜在的生物学功能；(3)对差异mRNA和miRNA进行互作调控分析，揭示了卵巢DEG和DEM相关性情况，找出影响产仔数的重要节点(基因、miRNA和GO条目／KEGG通路)：(4)定量PCR验证了转录组和小RNA组测序结果，以及mRNA．miRNA相关性分析，并对4个miRNA(miR一126．3p，miR．126—5p，miR．130b和miR一145．5p)进行组织表达谱分析。以上研究主要获得如下结果：(1)高、低产约克夏母猪卵巢文库转录组测序中，分别得到17,485和19，178个基因，其中402个基因仅在YH组中表达，2095个基因仅在YL组中表达，17083个基因在两文库中都有表达。差异分析发现，1243个基因在两组中差异表达，其中897个基因在YH组中上调表达，346个基因下调表达。对1243个DEG进行筛选分析，找出11个候选基因(C01，GPX3，MSMB，COX3，TIMPl，CYTB，STAR，万方数据HSD3B、CYPllAl，SCARBl和HSDl782)与猪繁殖力和产仔数相关。对1243个DEG进行GO富集和KEGG通路分析，发现类固醇生物合成(Steroidbiosynthesis)和卵巢类固醇(Ovariansteroidogenesis)2个通路可能在猪产仔数调控过程中扮演重要角色；(2)对高、低产约克夏母猪卵巢文库miRNA—seq，分别YH组得到327个miRNA，YL组得到320个miRNA，其中30个miRNA只在YH组表达，23个miRNA只在YL组表达，297在两文库中都有表达。差异分析发现，37个miRNA在两组中差异表达，其中21个miRNA在YH组上调，16个miRNA在YH组下调表达。两文库组分别预测到19，628和19，250个靶基因。对37个DEM进行鉴定分析，找出8个DEM(miR．26a，miR．129a一5p，miR一224，miR-99a，let一7c，miR一18lc，miR．214andmiR．21)可能影响到猪产仔数。对DEM的靶基因进行进行GO富集和KEGG通路分析，发现显著富集到过氧化物酶体(Peroxisome)等通路上；(3)对mRNA—miRNA进行整合分析，其中upmRNA—downmiRNA进行蛋白质互作(Protein．ProteinInteraction，PPI)分析获得39个DEG和10个DEM，并富集到10个GO条目／KEGG通路中；downmRNA-upmiRNA进行PPl分析获得30个DEG和15个DEM，并富集到10个GO条目／KEGG通路中。其中miR一26a靶向DHCR24基因富集到Steroidbiosynthesis通路；miR．129a一5p靶向IGFI基因富集到Rassignalingpathway通路，这些重要节点可能在猪产仔数性状中发挥重要作用；关键词：卵巢，RNA组学，产仔数性状，候选基因，候选microRNAlI万方数据AbstractotPiglittersizeisanimportanteconomicindexinpigproduction，andovarlesovulatlonratemamma