6-生物信息数据库及生物信息分析软件应用教材编辑.pptVIP

引物设计－ primer primer 5 软件 引物设计的一般步骤 序列查询 单基因序列 多基因序列 引物设计 引物确定 /cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi 引物的设计原则 引物与模板的序列要紧密互补 引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构 引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配) 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法(the nearest neighbor method)。 Tm值：50％的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度 引物的设计原则 实验五生物信息数据库及生物信息分析软件应用 现代分子生物学大实验 实验主要内容 分子生物学数据库：掌握数据库的种类、功能，文献查找方法 序列比对：掌握分序列比对的原理，使用至少一种序列比对软件。 相似序列的数据库搜索：掌握NCBI中几种基本局部序列比对方法及几种单机软件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。 生物信息学单机软件介绍：Primer Primier 5 欧洲分子生物学实验室 EMBL 美国生物技术信息中心 NCBI 日本遗传研究所 DDBJ 国际权威数据库 蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL (translation of EMBL) PIR (Promoter information resource) PRF （Promoter research foundation） PDBSTR （Re-organized Protein data Bank）Prosite 结构数据库 PDB (Protein Data Bank) NDB (Nucleic Acid Database) DNA-bind Protein databaseswiss-3D IMAGE 酶和代谢数据库KEGG （Kyoto Eneyclopedin of genes genemes） PKR (Protein Kinase Resource) 文献数据库PubMed OMIM Agricola 常用数据库 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）。 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。 NCBI相关介绍 文献数据库 核苷酸数据库 dbEST EST来源于mRNA－基因长度（300-400bp，数据长度足以分析编码的产物）或者全基因（已知）－5’端或3’端的cDNA序列（EST）－300-400bp single-pass sequence （可能有误，如果要求0.1%的错误率，需要测序8-10次）－GenBank中71%以上的是EST序列。 UniGene 来源于同一基因的非重复EST，组成基因序列群（contig）dbSTS （sequence tagged sites）a.短序列（200-500bp） b.已完成染色体上的定位 c.可以与电子PCR相