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从患者开始谈基因检测的整个流程 题记：几颗玉米放进爆米花机器，出来便是爆米花；一个智力一般的高中生放到人大附中，三年后出来就是国际一流大学新生；二两五花肉和几个青椒交给一名厨师，出来的便是香喷喷的回锅肉。可是这中间都发生了啥？是什么重要步骤将初始原料打磨成了成品？10ml的血液或者一块肿瘤组织，最终变成了一份20页的检测报告？这是怎么实现的？中间都发生了什么？本文旨在回答这个问题。 基因检测的整个流程可分为哪几个大的步骤？概况性地了解一个事务的框架是很有必要的，因为这样我们心里会有“底”。不管别人怎么分，我简单粗暴地把它分为四个程序：1，检测前咨询部分；2，实验室部分；3，信息分析部分；4，临床解读部分。五脏俱全的基因检测公司应该包含以上所有的四个程序，除非存在部分业务外包的情况，例如有的公司只做临床解读部分。1）检测前咨询部分：不是所有的癌症患者都应该检测，都值得检测，检测目的是为了明确是否可以使用靶向药物，还是仅仅为了玩，选择哪种产品更加适合，这些都是需要在这部分搞清楚。2）实验部分：应该取多少组织样本，测序过程中有哪些细节步骤，这可是个核心环节。3）信息分析：实验部分做完以后所得到的是一大堆序列，不分析就是一堆垃圾，信息部要做的就是从这些垃圾中挑选黄金。4）临床解读：黄金挑选出来不拿去换成大米然后进肚，那也没什么用，基因检测的结果有什么意义，对临床实践又何指导，全在这里了。四个程序，每个程序又包含哪些小工序呢？通过上面的介绍，我们可以大体了解基因检测分为四个程序，也明白四个程序主要做什么。可是，每一个程序又具体涉及哪些小程序呢？剖析程序的过程，就是知识差异化的过程。1，检测前咨询：患者预期、产品选择；2，实验部分：样本获取与运输、DNA制备与文库构建、质控与上机测序；3，信息分析部分：数据分析、报告初稿；4，临床解读部分：检测报告、临床实践、报告解读/人文关怀。总而言之，简单来说，从明确患者的检测目的开始（用药指导，耐药后寻找新的方案，仅检测一个基因或多个基因突变状态等），到选择合适的产品，然后获取规范的样本（血液，组织，唾液等），然后合适的运输方式到达实验室，然后一些列的规范实验室操作及数据分析，最后到科学的检测报告与咨询服务。这就是四个程序所包含的内容。每一个程序分为许多小工序，每一个小工序又有许多学问与讲究。下面将会详细介绍每一个小工序。程序一：检测前咨询部分1.1：患者预期。销售经理、产品经理、主治医生与患者需要充分沟通，明确该基因检测的目的，知道检测技术的局限性，做好患者的预期控制。1.2：产品选择。对于基因检测产品来说，产品选择几乎等同于检测基因的选择。哪些基因需要强行检测、哪些基因推荐检测、哪些基因有一定的检测价值，这些需要阐述清楚。最后，根据患者的经济情况与病情，综合选择（这是理想状况）。实际操作过程中，销售经理往往会以经济利益为导向。1.3：临床信息。患者的临床信息对于基因检测报告者有重要意义，信息掌握越全面报告越个性化，咨询解读也更有针对性。因此，完整详实的临床申请单需要提供。程序二：实验部分 2.1：样本类型。需要明确一点，能够运用无创的尽量用无创（唾液与血液），因为没有一个患者希望无缘无故的在自己身上打洞。固体：手术样本，穿刺样本，石蜡包埋组织，石蜡切片组织；液体：全血，血清 血细胞，胸水，腹水，唾液。1）手术样本：（肿瘤组织≥50mg，癌旁正常组织≥25mg，收到组织后立即用至少5倍体积的10%中性福尔马林固定液固定），切片25张以上，厚度5 μm，肿瘤细胞占比≥50%，坏死组织区域2）穿刺样本：穿刺一针以上，肿瘤细胞占比≥50%，坏死组织区域3）石蜡包埋组织：常温保存运输即可，最好是1年以内。4）石蜡切片组织：常温保存运输即可，最好是6周以内。5）全血：6ml-10ml for NGS (Streck管，含有保存液，负压真空抽满)，轻轻垂直平面90°旋转10次，6-25℃（常温）运输，3（7）日内送达，可用干冰/制热剂制造维持环境温度。6）血浆 血细胞 （普通试管）：抽血后 2h 内将全血4℃ 1600g离心 10min，分别收集上清和沉淀至离心管中；上清再 4°C 16000g 离心 10min，收集上清血浆转移至 15mL 离心管中。血浆 血细胞样品，均封口膜封口，干冰运输。7）胸水：8）腹水：这两个情况比较少，至少我们公司很少遇到这样的样本。2.2：质控。血液样本是否合格，是否可以进行测序上机，样本质量怎么样？安捷伦2100生物分析仪或者4200 TapeStation核酸分析仪，通过DNA完整值（DIN）来数字化基因组DNA的完整性。如果不用这些仪器，可以通过跑胶来实现这一步。质控不合格，只有重新采样。标准流程只需要0.1-1μg DNA，DNA的OD 260/280在1.8-