双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组的功能预测及分析探究.pdfVIP

食用菌学报@2017．24(3)：7～12 DOI：10．16488／j．cnki．1005—9873．2017．03．002 双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组的功能预测及分析 刘旭影1’2，阮心眉1，程凡升1，李文香1，朱丹2+ (1青岛农业大学食品科学与工程学院，山东青岛266109；2青岛农业大学生命科学学院，山东青岛266109) 4．1、跨 摘要：以双孢蘑菇(A弘ric“56iJpor“s)10448个蛋白为研究对象，综合利用信号肽分析软件signalP 膜结构预测软件TMHMMv2．0、GPI锚定位点预测软件big—PiPredictor以及亚细胞蛋白定位软件TargetP 1．1等生物信息学软件，筛选双孢蘑菇胞外分泌蛋白质序列，使用分析软件BLAsT2Go进行功能注释。筛选 frame，0RF)最长为 得到469个胞外分泌蛋白质序列，统计发现编码这些蛋白质的开放阅读框(openreading 4800 bp，平均为1233bp。除去假定蛋白质，双孢蘑菇胞外分泌蛋白质的生物代谢途径主要有生物大分子代谢 (2．9％)等。 关键词：双孢蘑菇；胞外蛋白；生物信息学；功能注释；酶学分类 胞外分泌蛋白是指在核糖体上初步合成，经过内质网、高尔基体进行加工、组装从而形成较为成熟 的蛋白，再通过囊泡转运至细胞膜的蛋白质。用于指导蛋白质跨膜转移的N一末端的氨基酸序列，即 信号肽序列，对于生物体的生长、发育具有重要的意义[1]，近年来，已有越来越多的研究者运用生物信 息学的方法研究物种的胞外分泌蛋白质组。利用生物信息学的手段预测分泌蛋白，能够高效地运算出 基因组的有关信息。如谭双等预测了多杀性巴氏杆菌基因组的136个分泌蛋白，并得到部分蛋白的免 疫原性和免疫反应性，这对全面掌握多杀性巴氏杆菌致病机制具有重要意义[2]。 传统方法研究分泌蛋白主要采用双向凝胶电泳或LC．Ms／MS技术[3]，往往只能得到一部分分泌 蛋白的信息，采用生物信息学方法[4]，可以通过研究物种的蛋白质组进而从基因水平上得到微生物的 系统特性。 大量研究表明仅葡萄糖可作为碳源被双孢蘑菇菌体直接吸收利用且菌体不能直接吸收蛋白 质[5‘6]。因此，双孢蘑菇(A弘“c“s6括porMs)在菌丝生长阶段可能通过分泌大量的胞外酶来进行基质分 解，以获得菌丝生长所必需的外源营养物质[7]。胞外蛋白决定了双孢蘑菇分解基质、吸收营养、抵御污 染等生物学特性。对于双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组成及功能的研究不多，对于双孢蘑菇菌丝体如何降 解利用基质中的营养以及胞外酶对其营养吸收作用的研究也鲜见。因此，研究其胞外分泌蛋白质组的 组成及功能，对于深入探索双孢蘑菇营养利用模式以及新基质的筛选有重要意义。 Genome JGI数据库(JGI M．MARTIN测定的双孢蘑菇基因组A．6ispDr“svar．bisporusH97(ProjectID：1076821)版本。双孢 蘑菇基因组由13条染色体组成，其总大小约为30．2MB。在双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组中，有10448 组测序、拼接与注释，并提出双孢蘑菇基因组中可能含有参与木质纤维素分解的基因、木质素转化氧化 还原酶的基因、作用于碳水化合物的基因、在堆肥上诱导蛋白酶的基因等。这为利用生物信息学的方 法研究双孢蘑菇胞外分泌蛋白质组奠定了基础[8]。 收稿日期：2016—12—15原稿；2017—02—17修改稿 代农业产业技术体系食用菌创新团队建设专项基金(SDAIT—07．07)资助 作者简介：刘旭影(1996一)，女，在读学士，主要从事食品科学与工程方面研究。 ’本文通讯作者 E_哪iI：zhuchen90412@hotmail．com 万方数据 8 食用菌学报 第24卷 笔者通过一系列生物信息学分析工具，对已公布的双孢蘑菇蛋白质组进行分析，对其中的分泌蛋 白及功