DNA与蛋白质相互作用结构特征.docVIP

DNA与蛋白质相互作用的结构特征Section 7 Structural Characteristics of Interaction between DNA and Protein 反式作用因子必须与顺式作用元件相结合，才能发挥其调节基因表达的作用。反式作用因子至少含有三个功能域，即DNA结合功能域，转录活性功能域和其它转录因子结合功能域。反式作用因子的DNA结合功能域具有一些带共性的结构特征，如同源结构域、碱性亮氨酸拉链模体、锌指模体等。 1. 螺旋-转角-螺旋模体（Helix-Turn-Helix（HTH）Motif） 1.1 原核生物HTH模体（Prokaryotic HTH Motif） 色氨酸阻遏因子和分解产物基因激活蛋白（CAP）均为同二聚体，分子结构中含HTH模体，该模体由两段α-螺旋和一段β-转角构成（但需要另外伸出的第三个α-螺旋才能稳定），第二个α-螺旋负责识别DNA大沟序列，故称为识别螺旋（图103）。 图103 HTH模体的分子结构Fig 103 Molecular Structure of HTH Motif 1.2 真核生物HTH模体（Eukaryotic HTH Motif） 1.2.1 同源异型结构域（Homeodomain） 同源异型结构域的氨基酸残基序列与原核细胞类似，由三段α-螺旋，环绕一个疏水核心折叠而成。所不同的是识别螺旋较长，在DNA大沟中的定向有所不同，其典型的结合位点是TATA盒（图104）。 图104 同源异型结构域的分子结构Fig 104 Molecular Structure of Homeodomain 1.2.2 MYB HTH模体（MYB HTH Motif） 为HTH模体的变体，其结构类似于同源结构域，但其β-转角由5个残基构成，识别螺旋与DNA有较长的接触面（图105）。 图105 MYB HTH模体的分子结构Fig 105 Molecular Structure of MYB HTH Motif 1.2.3 侧翼HTH模体（Winged HTH Motif） 侧翼HTH模体是α/β HTH变体，由110个保守的氨基酸残基构成α/β识别螺旋，另外两个翼状环结构与相邻的DNA骨架和小沟相互作用。典型的例子是肝细胞核因子-3γ（HNF-3γ）（图106）。 图106 侧翼HTH模体的分子结构Fig 106 Molecular Structure of Winged HTH Motif 1.2.4 分解产物基因激活蛋白样结构域（CAP-like Domain） 真核生物多种转录激活因子均具有此DNA结合结构域，但与CAP不同，该结构域是以单体形式与DNA大沟结合，其结合靠水介导。典型的例子如转录因子PU.1的ETS结构域（图107）。 图107 转录因子PU.1的ETS结构域Fig 107 ETS Domain in Transcription factor PU.1 1.2.5 POU结构域（POU Domain） 该结构域由155~162个氨基酸残基组成，有两个独立的球状结构域：POUS和POUH。POUS位于的POUH的N-端，含多个α-螺旋。两个球状结构域分别位于DNA双螺旋两侧大沟内，识别5′-ATGCAAAT-3′八聚碱基序列。其中，POUS结合5′端ATGC序列，而POUH结合3′端AAAT序列。典型的例子包括Pit-1，Oct-1、2、4等（图108）。 图108 OCT-1和PIT-1中的POU结构域Fig 108 POU Domain in OCT-1 and PIT-1 1.2.6 成对结构域（Paired Domain） 由两个球形亚结构域组成，与两个同源异型结构域相似，但不同于POU，仅N-端的亚结构域为DNA大沟的识别螺旋。该结构域见于Pax蛋白（paired box protein）（图109）。 2. 碱性亮氨酸拉链模体（Basic Leucine Zipper Motif） 2.1 碱性区/亮氨酸拉链（Basic Region/Leucine Zipper, bZIP） 该模体的C-末端重复序列形成左手卷曲螺旋，每间隔7个残基出现一个亮氨酸，故称之为亮氨酸拉链。模体的N-末端富含碱性氨基酸残基（碱性区），与DNA的大沟特异性结合。常见的反式作用因子有：CREB、Jun、Fos、GCN4等，它们通常以同二聚体或异二聚体的形式与DNA结合（图110）。 图110 碱性区/亮氨酸拉链模体的分子结构Fig 110 Molecular Structure of bZIP Motif 2.2 碱性区/螺旋-环-螺旋/亮氨酸拉链（Basic Region/Helix-Loop-Helix/Leucine Zipper, bHLH）