化合物筛选方法知多少.PDFVIP

化合物筛选方法知多少 通过 Lead Compound 的发现途径，获得的化合物由于有效性与安 全性等的考虑，一般不能直接作为药物应用于临床，需要经过一系列 筛选验证。本期我们一起学习针对化合物活性筛选的主要方法。 药海无悔 飘雪的日子，寒冷的天气冻不住我们药物研发的脚步，经过漫长揪心的合成与纯 化之路，我们获得了一批不错的化合物，到了该对宝贝们进行活性筛选了，为下一步 的结构优化或进一步的机理研究做准备。 化合物活性筛选的方法，目前主要有虚拟药物筛选与实体药物筛 选。 1、虚拟药物筛选 虚拟筛选(virtual screening ，VS)也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选 之前，利用计算机上的分子对接软件模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用， 计算两者之间的亲和力大小，以降低实际筛选化合物数目，同时提高先导化合 物发现效率。 从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体的虚拟筛选和基于配 体的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选从靶蛋白的三维结构出发，研究靶蛋白结合位点的特 征性质以及它与小分子化合物之间的相互作用模式，根据与结合能相关的亲合 性打分函数对蛋白和小分子化合物的结合能力进行评价，最终从大量的化合物 分子中挑选出结合模式比较合理的、预测得分较高的化合物，用于后续的生物 活性测试。 基于配体的虚拟筛选一般是利用已知活性的小分子化合物，根据化合物的 形状相似性或药效团模型在化合物数据库中搜索能够与它匹配的化学分子结构。 最后对这些挑选出来的化合物进行实验筛选研究。 虚拟筛选允许以快速和成本有效的方式评估大型化合物库和生物分子靶标 之间的相互作用。 除了计算筛选之外，还可以使用分子对接来研究小分子与靶点结合位点的 结合模式。现有药物是一类生物利用度和相容性被验证的结构，故通过 虚拟筛选发现的高效命中化合物在细胞或动物研究中失败的可能性会 降低。此外，虚拟筛选使得学术团体或小公司不需要购买数千种化合 物，能够对现有药物进行探索性重新定位，对抗新的疾病靶标。 采用高通量虚拟筛选方法可从大型化合物库（如约 20 万个化合物的 SPECS 库，超过 1 亿个可购买化合物的 ZINC 库）中迅速筛选出有潜在活性的 药物分子，该方法尽管在准确性方面还有待进一步提高，却已经在不少药物研 发科学家的研究中有所使用并获得不错的效果。 2、实体药物筛选 顾名思义，就是在具体的实验基础上进行药物活性筛选。根据实验涉及的 领域又可以分为 2 种，一种是基于分子生物学与细胞生物学方法的高通量筛选， 一种是生物色谱联用技术。 高通量筛选(High throughput screening ，HTS) 技术是指以分子水平和细胞水平的实验方法为基础，以微板形式作为实验 工具载体，以自动化操作系统执行试验过程，以灵敏快速的检测仪器采集实验 结果数据，以计算机分析处理实验数据，在同一时间检测数以千万的样品，并 以得到的相应数据库支持运转的技术体系，它具有微量、快速、灵敏和准确等 特点。简言之就是可以通过一次实验获得大量的信息，并从中找到有价值的信 息。 常用的筛选模型都在分子水平和细胞水平，观察的是药物 与分子靶点的相互作用，能够直接认识药物的基本作用机制。 筛选模型： 是指用于检测药物作用的实验方法。由于高通量筛选要求反应总体积小，而且，反应 具有较高特异性和敏感性，因此对于筛选模型也要求较高，常用的筛选模型都在分子水平 和细胞水平，观察的是药物与分子靶点的相互作用，能够直接认识药物的基本作用机制。 目前这些模型主要集中在受体、酶、通道以及各种细胞反应方面。近年也出现了基因水平 的药物筛选模型，使药物筛选模型的范围更为广泛。 分子水平的药物筛选模型 受体筛选模型 指受体与放射性配体结合模型。以受体为作用靶的筛选方法,包括检测功能 反应、第二信使生成和标记配体与受体相互作用等不同类型。 酶筛选模型 观察药物对酶活性的影响。根据酶的特点,酶的反应底物,产物都可以作为 检测指标,并由此确定反应速度。 离子通道筛选模型 细胞水平药物筛选模型