广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析-预防兽医学专业论文.docxVIP

广两人学硕士毕业论义广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析 广两人学硕士毕业论义 广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析 摘要 根据已发表的猪瘟病毒(0IassicaI Swi ne Fever Vi rUS，CSFV)Shimen 株、HOLV株和Paderborn株的全基因组序列，设计并合成1 1对引物，应用 RT-PCR技术，成功地分1 1个片段扩增了CSFV广西流行毒株6XWZ02的全基 因组，并将这1 1个基因片段克隆到pGEM-T和PMDl8-T载体上，测定其核苷 酸序列。应用计算机生物软件Vector NTf Suite 6将11个基因片段进行拼 接，确认OSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸。将OSFV GXWZ02株与国内外已发表的shimen、HOLV、39、Brescia、Eystrup、Gl entorf、 Alfortl87、Paderborn、CS、ALD、GPE、P97、LPO毒株进行全基因组序列 r 和推定的氨基酸序列比较。l结果显示，核苷酸同源性分别为85 4％、84．6％、 、 88 7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95 3％、85 7％、85 7％、85 4％、83 4％、 84 3％，推定的氨基酸序列同源性分别为92 6％、91 7％、94．2％、93{％、92 9％、 92 3％、93．O％、97．7％、92．6％、93．O％、92．6％、90．5％、90 6％。GXWZ02与 shimen、HOLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列同源性有明显变异，表 明GXWZ02与shimen、HOLV在遗传性和抗原性上存在较大差异曩系统发育树 分析表明，所比较的14株CSFV被分为两个群， GXWZ02、Paderborn和39 这3个毒株被归为群I，其余的1 1个毒株被归为群II，GXWZ02与Paderborn 的亲缘关系最接近。将GXWZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行 核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因NS5A、E2、NS2、 Ern。的遗传变异程度大，而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。 关键词：猪瘟病毒、基因组、序列分析、GXWZ02株 殳硅实 殳硅实 厂‘蹦猪瘟流行毒株全基吲组的兜降与』}刘分析 CLONING AND SEQUENCE ANALYSIS OF GENoME oF CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS EPIDEMIC IN GUANGXI ABSTRACT According to the published nucleotide SeqUenCeS of genome of classical swine fever virus(CSFV)strains shimen，HCLV and Paderborn，l{pairs of specific primers were designed and synthesized．Eleven fragments had been successfully amplified from CSFV GXWZ02 strain by RT-PCR，These amplified fragments were cloned into pGEM—T or PMDl 8一T and sequenced．Assembly of sequences of the 1 1 fragments into a contiguous sequence was done using Vector NTI Suite 6 software，the 1 2296 nucleotide sequence was comfirmed in genome of GXWZ02 strain．Comparison of the genomic nucleotide sequence and the deduced amino acid sequence of GXWZ02 with that of Shimen，HCLV．39， Brescia，Eystrup，Glentorf,Alfortl 87，Paderborn，CS，ALD，GPEl，P97and LPC， showed that the nucleotide homologies were 85．4％，84．6％，88．7％，85．7％， 85．7％，85_3％，85．6％，95。3％，85．7％，85．7％，85．4％，83．4％and 84．3％， respectively,the amino acid sequence homologies were 92．6％，91．7％