DNA-计算机原理--进展及难点(Ⅳ)--论DNA-计算机模型[J.pdfVIP

第 3O卷 第 6期 计 算 机 学 报 VoI．3O No．6 2007年 6月 CHINESEJOURNALOFCOMPUTERS June2007 DNA计算机原理、进展及难点(Ⅳ)：论DNA计算机模型 许 进” 谭钢军。 范月科。 郭养安。 ”(北京大学信息科学技术学院 北京 100871) (华 中科技大学分子生物计算机研究所 武汉 430074) 。’(西安老年大学 西安 710014) 摘 要 在DNA计算机研究中，所建模型的好坏直接影响着DNA计算中诸多问题，如编码的难易程度、整个生物 操作或生化反应的设计、解空间的大小、计算时间多少、应用范围以及通用性的程度等．如何建立快速的、功能强 的、具有一定通用性的DNA计算机模型 ，是从事DNA计算机研究者一直关注与感兴趣的难题．为此，该文将主要 围绕着DNA计算机的模型建立展开讨论，重点讨论 1O年来所建立起来的一些主要模型．共分为三种类型：第一种 是利用DNA分子结构与特性所建立起来的几种主要模型；第二种是利用生物操作方式所建立的三种模型：试管 型、表面型与芯片型；第三种是所谓的DNA计算机模型．文中讨论了这些模型的基本原理、功能、优缺点以及应用 的研究进展等．最后，对DNA计算机模型研究中的难点进行了分析，并给出了相应的解决思路． 关键词 DNA计算 ；DNA计算机 ；模型 中图法分类号 TP301 DNAComputerPrinciple，AdvancesandDifficulties(1V)： OntheM odelsofDNA Computer XU Jin ’。 TAN Gang-Jun。 FAN Yue—Ke。 GUO Yang-An。 ”(SchoolofElectronicEngineeringandComputerScience，PekingUniversity，Beijing 100871) (InstituteofBiomolecularComputer，HuazhongUniversityofScienceandTechnology．Wuhan 430074) (xilanAgednessUniversity，xilan 710014) Abstract In theDNA computerresearch，thequality ofthemodelsetupinDNA computing haveaeffectdirectlyonallitSaspects，suchastheextentofdifficultyofencoding，thecomplete designofbio—operationandbiochemistryreaction，sizeofsolutionspaceandcomputingtime．Es— pecially，themodelshaveaeffectdirectlyontheapplicationscopeofcomputeraswellasextentof universality．How to establish ahigh speedandpowerfu1DNA Computermode1witha certain universality，itisadifficultyproblem thatcomputerresearcherhasbeeninteresting．Forthis， thispaperwillmakeadiscussion aroundthemodelingsofDNA Computer．Itisimportantthat discusssomemodelsbuiltinrecent10years．Theyaredividedinto3types：Thefirst