生物资讯学未来医药研究探究 的利器文档资料.pptVIP

生物資訊學：未來醫藥研究的利器 蔡少正 國立成功大學醫學院生理學研究所 大綱 一、生物資訊學的發展 二、研究生物資訊學的工具 三、生物資訊學的應用 四、國內生物資訊學的現況 五、國內生物資訊的的未來 六、生物資訊學的展望 生物資訊學的發展 生物資訊學的發展 涵蓋分子生物、資訊工程、統計等學門的新科學 後基因體分析紀元(Post-genome Era) 人類基因組解讀計劃(Human Genome Project)已於今年六月完成基因體序列“初稿”定序工作 後基因體分析紀元(Post-genome Era) 其他物種如老鼠、果蠅、線蟲、阿拉伯芥、水稻、霍亂弧菌的基因體序列也已經被完全解讀出來或接近完成解讀階段 功能性基因體(Functional Genomics) 基因註解 基因預測 蛋白質功能研究(proteomics) 單核甘酸多樣性(single nucleotide polymorphisms or SNPs) 研究生物資訊學的工具 資料庫(database) 序列分析、搜尋系統 文獻查詢 基因註解(gene annotation) 高速計算能力的軟、硬體 資料探勘(data mining)工具 生物資訊學的搜尋與分析工具 生物資訊學的應用 生物資訊學與生物科技 生物晶片(Bio-chip)：微陣列(Micro-array) cDNA chip Oligonucleotide chip Protein (peptide) chip 藥物基因體學(Pharmacogenomics) 定義：功能性基因體學與分子藥理學的結合 單核甘酸多形性(SNP) 任何非同卵雙胞胎的個體間核甘酸的相似程度為99.9%，也就是說，每1000個核甘酸中便有一個是不同的，即所謂的DNA variants。 這些DNA variants大部分位於非蛋白質表現區(none coding region)，但其對蛋白質的表現及功能的影響還是相當的大。 SNP的寓意：種源的追溯、疾病的診斷、量身定做的藥物 Allele Specific Oligonucleotide ( ASO assay) Individual genotype Enzymatic Cleavage Methodology Base Excision Sequence Scanning (BESS) system T G scan Fluorescent-labeled primers and ABI 310 Genetic Analyzer Possible Sequence Variants T BESS TG-Scan analysis 基因與人類疾病 資訊引導研究-發現b-secretase 資訊引導研究-EST data mining EST(expressed sequence tag): 5‘ and 3’ cDNA sequence, 300-400 bases, 98% accuracy 利用微陣列研究基因表現 預測人類的基因 微毫米科技(Nanotechnology) 建立原子大小的檢測設備 Semiconductor microchip Drug delivery machine Single cell analysis system DNA computer 國內生物資訊學的現況 需求：目前的需求量不高 生物研究學者不知如何使用生物資訊或序列分析工具做研究(不會用所以沒有需求) 沒有自己的資料庫或分析工具 沒有足夠的運算資源 國內生物資訊學的現況 資源：異常有限 國家衛生研究院 高速電腦中心 國內生物資訊學發展的方向 微陣列(micro-array)製作技術、分析方法的提升 發展新的檢驗試劑 發展新的檢測法(腸病毒) 建立加值型資料庫 發現新基因 發現新藥或新療法(中、草藥) 蛋白質體(proteomic) 二維蛋白分析(2D gel) 與LC-mass,EC-mass等微量分析法結合 何謂加值型資料庫？ 原始資料庫 生物資訊學的展望 未來10年將是生物資訊學最蓬勃發展的世紀 國父：二十世紀是三民主義的世紀 ＠＠：二十一世紀是生物資訊的世紀 基因醫藥的研發、基礎或臨床研究唯有藉助生物資訊學的幫助才能有發展的空間 以提供生物資訊諮詢或服務的公司將是未來市場的主力 生物資訊學的展望-生技產業 基因戰爭與基因恐慌 一滴血或一根頭髮 醫、病關係的變革 基因歧視 訂做一個他？ 序列及蛋白質資料庫 一、公用資料庫： NCBI(美國) EBI(歐洲)： DDBJ(日本) Databases in National Center for Biotechnology Information 蛋白質資料庫 PDB (P