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Biophysics and Computational Biology生物物理與計算生物National Central University國立中央大學物理系 李弘謙 Computational Biology Laboratory 計算生物實驗室 CBL@NCU 2002 January 24 The Human Genome Project人類基因工程 1988 美國（國家衛生院與能源部）開始 目標 給人類及其他重要生物基因體排序 發展其他相關科技 注意相關倫理、法律、社會問題 預計2005年完成人類基因體排序 排序完成的基因序列近年以爆炸性成長 Millions of base pairs of DNA 人類基因工程的公眾智慧財產原則 智慧財產屬於公眾 工程中所取得的數據以及相關資訊 快速上載於互聯網的資料庫中 無約束供任何人下載 研究現代生命科學的三種方法 in vivo 在活體裡 in vitro 在試管中 in silico 在電腦中 在電腦中研究生命科學 Bioinformatics 生物資訊Biophysics 生物物理 Computational Biology 計算生物 資訊 – 大量生命序列數據存在網路資料庫中 DNA序列、 蛋白質序列 資料庫軟體、資料採礦、演算法 物理 – 生命體就是一部巨大又非常複雜的機器 運作法則、系統模型 計算 序列分析 （基因認識、分子演化等） 系統模擬計算 （蛋白質折疊、藥物設計等） 人類基因工程給我們什麼？ 生物演化 分子演化、親緣樹、生物共同祖先 基因與疾病 基因晶片、數理分析 蛋白質結構 物理實驗、理論模型、計算模擬 蛋白質（群）組織與功能 疾病預防及治療 基因改良、農作物 藥物設計 蛋白質與大分子的結合 生命的目的是保護基因？ 只有極極少數的DNA序列能有生命表現 DNA是演化的執行地 演化是機會主義無頭雞的行走 DNA隨機突變、複製 無孔不入 多數走進死巷 演化的結果常常很奇怪 例：眼睛 生命是基因載體，是演化的試驗場 適者生存、物種淘汰 Molecular evolution and Genome evolution   1 tgctgagaaa acatcaagctg tgtttctcct tccccaaag acacttcgca gcccctcttg 61 ggatccagcg cagcgcaagg taagccagat gcctctgctg ttgccctccc tgtgggcctg 121 ctctcctcac gccggccccc acctgggcca cctgtggcac ctgccaggag gctgagctgc 181 aaaccccaat gaggggcagg tgctcccgga gacctgcttc ccacacgccc atcgttctgc 241 ccccggcttt gagttctccc aggcccctct gtgcacccct ccctagcagg aacatgccgt 301 ctgccccctt gagctttgca aggtctcggt gataatagga aggtctttgc cttgcaggga 361 gaatgagtca tccgtgctcc ctccgagggg gattctggag tccacagtaa ttgcagggct 421 gacactctgc cctgcaccgg gcgccccagc tcctccccac ctccctcctc catccctgtc 481 tccggctatt aagacggggc gctcaggggc ctgtaactgg ggaaggtata cccgccctgc 541 agaggtggac cctgtctgtt ttgatttctg ttccatgtcc aaggcaggac atgaccctgt 601 tttggaatgc tgatttatgg attttccagg ccactgtgcc ccagatacaa ttttctctga 661 cattaagaat acgtagagaa ctaaatgcat tttcttctta aaaaaaaaaa aaaccaaaaa 721 aaaaaaaaaa aaaccaaaaa actgtactta ataagatcca tgcctataag acaaaggaac 781 acctcttgtc atatatgtgg gacctcgggc agcgtgtgaa agtttacttg cagt