生物信息技术发展态势分析.docx

第 23 卷第 5 期 中 国 生 物 工 程 杂 志 CHINA BIOTECHNOLOGY 2003 年 5 月 生物信息技术发展态势分析 赵爱民 (科学技术部中国生物工程开发中心 北京 100081) 摘要 随着计算机科学和互联网技术的进步 ,生物信息学得到了长足的发展 。综述了国际生物 信息技术的发展态势 ,分析了生物信息技术研发和应用的热点和重点 ,并且在概述国内生物信息 发展状况的基础上 ,提出发展我国生物信息技术的建议 。 关键词 生物信息 基因组 蛋白质组 21 世纪是生命科学的时代 , 也是信息时代 。 随着人类基因组计划的各项任务接近完成 ,有关核 酸 、蛋白质的序列和结构数据呈指数增长 。面对巨 大而复杂的数据 ,运用计算机管理数据 、控制误差 、 加速分析过程势在必行 , 从而使生物信息学成为 当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一 ,也 是 21 世纪自然科学的核心领域之一 。 近年来 ,计算机和互联网的发展更是为生物信 息的传递提供了硬件基础和便利 ,大大地推动了生 物信息学的发展 。目前 ,虽然其研究重点主要体现 在基因组学 ( Genomics) 、比较基因组学 ( Comparative genomics) 和蛋白组学 ( Proteomics) 等方面 ,具体说就 是在基因组和蛋白质组水平上 ,从核酸和蛋白质序 列 、表达谱数据出发 ,分析序列中表达的结构与功 能 、基因调控网络 、生化代谢途径的生物信息 , 随 后 ,基于生物信息学的系统生物学的研究也开始成 为生命科学研究的新的热点[ 1 ] 。 当前 ,生物信息技术的重要性越来越突出 。美 国能源部在 2001 年 4 月紧接着人类基因组计划提 出的旨在了解生命的奥秘的新的“从基因组到生 命”的 10 年宏伟规划的前言中郑重指出“21 世纪的 生物学最重要的任务是在基因组水平上认识生命 的奥秘 。毫无疑义 ,这个目标的实现将依赖于建立 在系统生物学和生物信息学相结合基础之上的新 一轮的生物信息技术革命”,并进一步提出“从基因 组到生命 ( GENOME TO LIFE) 计划的中心目标是在 今后 10 年里完成国家的相应基础设施建设 ,以实 现不断产出的海量生物学数据和生物学知识同以 收稿日期 :2003202227 修回日期 :2003203220 生物信息学为基础的新生物学的整合[ 2 ] ”。这里相 应基础设施则包括 : 新的数据库体系 、高性能计算 能力和网格 ( Grid) 技术 ,生物学数据分析和模拟技 术体系 ,生物过程的信息可视化技术体系等 。 长时间以来 ,生物信息学一直被认为是一个建 立在对 DNA 和蛋白质序列比较基础上的学科 ,目 的是发现进化关联 ,并由此进行功能比较 。但在目 前 ,人们更为关注的是基于体系或系统的方法 ,即 系统生物信息学方法 ,分析蛋白质分子或代谢途径 间的相互作用 ,发现体系或系统赖以运转的最小构 成单元集合 。也就是说 ,发现那些交换共同的酶底 物或形成大的超分子复合物的分子 。从最近两年 来的生物信息学研究论文发表情况统计 ,可以看 出 ,在后基因组时代 ,生物信息学的主要研究内容 已经从对 DNA 和蛋白质序列进行比较 、编码区分 析 ,分子进化转移到大规模的数据整合 、可视化 ,转 移到比较基因组学 ,代谢网络分析 ,基因表达谱网 络分析 ,蛋白质组技术数据分析处理 ,蛋白质结构 与功能分析以及药物靶点筛选等 ,分别与功能基因 组 、蛋白质组 、结构基因组等研究领域互相配合 、紧 密相关 ,成为目前极其热门的系统生物学研究的重 要的基石[ 1 ] 。 1 发展应用的热点 111 发展集成的生物数据仓库和联邦数据库技术 目的是对分散的 、异构的 、甚至是冗余和混乱 的生物学数据库在公认的注释标准下进行整理 ,建 立整合的 、非冗余的数据库体系 ,建立不同生物学 数据源之间的关联 ,以利于数据挖掘[ 3～5 ] 。 102 中 国 生 物 工 程 杂 志 第 23 卷 112 发展整合的功能基因组数据分析软件体系 在后基因组时代 ,单一功能的生物信息分析软 件的研发已经不是生物信息学应用研究的主流 。 应用的重点在于发展将一大类算法 、数据库和分析 软件有机地集成和整合在一起 ,以完成系统的功能 分析 。如 :开发整合的基因组注释平台 ,整合的生 物芯片数据分析平台 ,整合的蛋白质组数据分析平 台 ,整合的结构基因组数据分析平台 ,以及不同层 次的数据分析平台间的整合 ,以保证大规模的功能 基因组数据分析的需求[ 6～9 ] 。 113 发展有效的生物学文献的信息管理 、搜索和 挖掘工具 生物学文献浩如烟海 ,大量的关键信息散布其 中 。而文献中的