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1、打开后的界面如图。
2、点FILENEW—DNASEQUENCE如图
3、输入目的基因片段,可以复制后用ctrl+V键拷贝到栏内,后应加数个N 以备后续设计时
加酶切位点及保护碱基,如图所示。
输入目的基因片段,可以复制后用ctrl+V键拷贝到栏内,后应加数个N 以备后续设计时加
酶切位点及保护碱基,如图所示。
4、此主题相关图片如下:选中enzyme 图标,将所选质粒上的多克隆酶切位点加入左栏 此
主题相关图片如下:选中OK键,
5、分析目的基因中所含的酶切位点,选插入位点时就应排除这些酶 此主题相关图片如下:
6、选中primer 图标,点S图标,editprimer,开始设计正义链。此主题相关图片如下:
7、软件默认引物为二五个碱基 此主题相关图片如下
8、可将鼠标点在设计框的3端从右向左删除7-9个碱基,保留1 -18个配对即可 此主
题相关图片如下:
9、在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基,入该图加入HINDIII
酶切位点及TTA保护碱基,完成后点analyze,认为可以后点OK。此主题相关图片如下:
10、选中左上角A 图标,用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。
11、从3端删除7-9个碱基同正义链。此主题相关图片如下:
12、将酶切位点加在5端,应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入(注意不要加
反)如图加入BamHI酶切位点及CGC3个保护碱基。完成后点analyze,认为可以后点OK。
此主题相关图片如下:
13、最后分析结果如图,反义链的FALSEPRIMING可以不考虑,RATING表示引物评分也
可以不考虑,主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度。GC含量不应超过60%此主
题相关图片如下:
14、该软件有个缺点,不能保存分析结果,只能选择打印 此主题相关图片如下:
15、如果设计RT-PCR检测的引物就如下所示,同上输入目的基因片段,选SEARCH 图标,
选择参数,一般选PCRprimersboth—100至250个碱基,引物长短20+/-2,searchparametere
中的参数可以不选,为默认设置。点OK。 此主题相关图片如下:
16、显示满足设计参数的候选结果,点OK.此主题相关图片如下:
17、点SENE 选择正义链,RATING表示引物评分,最好选评分高的。此主题相关图片如
下:
18、点ANTI-SENSE,相同方式选择反义链。整个一队引物评价同目的基因克隆的引物设计
相同 此主题相关图片如下:
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