BLAST原理及应用方法.pptVIP

Step 4b: 选择可选格式参数optional formatting parameters 可以不用整体地进行BLAST搜索而仅通过改变格式选项来提供一些不同的输出结果 一些选项可以把比对序列显示成多序列比对的形式，这对于确定一个蛋白质或DNA家族中的保守的或趋异的氨基酸残基非常有用。 BLAST format options BLAST format options threshold score = 11 EVD parameters BLOSUM matrix Effective search space = mn = length of query x db length 10.0 is the E value gap penalties cut-off parameters 如何评价搜索结果的显著性 如何处理过多的结果 如何处理过少的结果 多结构域蛋白HIV-1 pol的BLAST 检索 BLAST 检索脂质运载蛋白 lipocalins :改变打分矩阵的作用 BLAST 搜索的一些策略 BLAST搜索策略总图. 如何评价搜索结果的显著性 同源性是基于由搜索结果的统计评估支持的序列相似性推出的。指认基因或蛋白质之间的相似性的问题不能单靠序列分析解决，还需要使用生物学上的标准来支持同源性的推导。可以用对于蛋白质的结构和功能的评估来补充BLAST的结果。 真正有亲缘关系的蛋白质的序列可以有很大的差别，即使是那些有相近三维结构的蛋白质。因此，认为数据库搜索和蛋白质比对可能会得出一定数量的假阴性匹配。如脂质运载蛋白家族很多成员如RBP4和气味分子结合蛋白OBP只有非常有限的序列一致性，但它们的三维结构关系非常近，而且它们作为疏水性配体的载体的功能也被认为是相同的。 BLAST 搜索的一些策略 Sometimes a real match has an E value 1 Sometimes a similar E value occurs for a short exact match and long less exact match 决定两个蛋白质或DNA序列是否同源，可以问下面的问题： 期望值究竟是不是显著？ 两个蛋白质是不是具有近似的大小？实际上同源蛋白质不要求具有相同的大小，两个蛋白质可能只共享有限的一个相同的结构域。但是，产生一个对两个蛋白质同源的可能性的生物学上的直觉是非常重要的。比如一个1000个氨基酸具有跨膜结构域的蛋白质不太可能与RBP蛋白同源，因绝大多数脂质运载蛋白长度都近似200aa(20-25kD)。 如何评价搜索结果的显著性 决定两个蛋白质或DNA序列是否同源，可以问下面的问题： 这两个蛋白是否有共同的基序或信号序列？是。孕激素相关子宫内膜蛋白和RBP4蛋白都含有一个GXW载脂蛋白标签。 这两个蛋白质是不是一个合理的多序列比对的一部分？ 这两个蛋白质是否共有一个相似的生物学功能？就像所有的载脂蛋白一样，这两个蛋白都是小的、亲水性的含量丰富的分泌分子。 这两个蛋白质是否具有相似的三维结构？虽然载脂蛋白序列多种多样，它们却共享一个显著的非常保守的结构。这个结构(一个杯状的盂)可使它们将疏水性配体运输通过一个水环境区间。 载脂蛋白 如何评价搜索结果的显著性 决定两个蛋白质或DNA序列是否同源，可以问下面的问题： 如果BLAST搜索得到一个对另一个蛋白质的边缘匹配，以这个具有较远亲缘关系的蛋白质作为查询项再进行一次新的搜索。如用孕激素相关子宫内膜蛋白进行blastp nr搜索可得到一些在RBP4蛋白的搜索中也检测到的蛋白。这个发现增加了认为这两个蛋白实际上是一个蛋白超家族中的同源成员的信心。 载脂蛋白 如何评价搜索结果的显著性 Assessing whether proteins are homologous RBP4 and PAEP: Low bit score, E value 0.49, 24% identity (“twilight zone”). But they are indeed homologous. Try a BLAST search with PAEP as a query, and find many other lipocalins. The universe of lipocalins (each dot is a protein) retinol-binding protein odorant-binding protein apolipoprotein D BLAST search with PAEP as a query finds many other lipocalins 如何处理过多的结果 在“limi