基因表达数据聚类分析方法的比较.pdfVIP

南京农业大学学报 2014 ，37 (6):1－6 http :/ / nauxb． njau． edu． cn Journal of Nanj ing Agricultural University doi :10 ． 7685 /j ． issn． 1000 －2030 ． 2014 ． 06． 001  ， ， ． ［J］． ，20 14 ，37 (6):1－6 张瑾 岳超 章元明 基因表达数据聚类分析方法的比较 南京农业大学学报 基因表达数据聚类分析方法的比较 1，2 1，3 1* ， ， 张瑾 岳超 章元明 (1. ， 210095 ;2. ， 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室 江苏南京 南京农业大学理学院 210095 ;3. ， 210019) 江苏南京 江苏中烟工业有限责任公司 江苏南京 : ， ， 。 摘要 通过生物信息学分析方法 利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据 揭示基因的功能和相互作用 ， 。 、 聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法 能高效发掘功能一致的基因 针对基因表达谱聚类分析方法较多 应用者选 ， 3 1 ， Caliński-Harabasz 、 择方法困难的问题 本研究利用 组基因表达谱模拟数据和 组酵母菌基因表达实际数据 通过 指数 灵 3 ， 、 3 。 : 敏值和分类正确率 个指标 比较了平滑样条聚类 数量性状关联聚类和局部逼近模糊聚类法 种经典方法 结果表明 Caliński-Harabasz ， ， ， ; 平滑样条聚类法的 指数平均数最大 灵敏值平均数最小 分类正确率最大 为最优方法 数量性状关联聚 ， 。 。 类次之 局部逼近模糊聚类最差 这一结果为