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外显子测序项目报告(共3篇) 　　关于开展DNA测序试验的报告分析　　伴随着科学技术的发展，对生命科学研究的深入，对各种DNA序列的分析已经成为现代科研的主题，它是生命科学研究中不可或缺的地研究手段，世界前沿科学研究无一不是建立在DNA分析上的。同时，测序服务经过长期的商业化运作，已经发展成熟，有成熟的经验与成果可以借鉴。因此，建立一个属于医院自己的测序中心，不仅仅使满足我院日益曾张的科研需求，也是将医院建设成为一个国际科研型综合医院的必要前提。现将国内测序发展情况作一概括。一、国内知名测序公司：　　1、北京三博远志测序公司，公司拥有国际最先进、最权威、精准的新一代DNA测序平台—ABI3730XL多台，度序可达900bp，美国Biolytic公司生产的BLP—192板式高通量合成仪多台，主要经营项目：DNA合成、DNA测序，全基因合成、基因克隆、基因组测序、shRNA质粒构建、菌种鉴定、遗传标记分析、HLA分型、突变检测、甲基化服务等。　　DNA测序服务价格(参考)　　?3、深圳华大科技，拥有IlluminaHi-Seq、HiseqXX是Illumina公司XX年推出的一款新的测序仪，采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术，能够为基因调控分析、转录组分析、SNP位点、结构变异分析和疾病分析等提供迅捷、庞大、准确、ABSoLidSystem，SOLiDTM系统是由AB公司研发的新一代超高通量基因测序分析系统，该系统可以为全转录组、染色质免疫共沉淀和小RNA的发现提供高度敏感的检测方法。IonTorrent，基于半导体芯片的新一代革命性测序技术。　　以上三家企业，为国内具有代表性的科研企业，　　?　　人外显子测序　　药明康德基因中心，陆桂　　1.什么是外显子测序？　　外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究基因的SNP、Indel等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。　　2.外显子捕获试剂盒有哪些？　　目前主要有Roche、Illumina和Agilent三家的外显子捕获试剂。Nimblegen和Illumina的捕获试剂盒中的探针是DNA探针，化学性质稳；Agilent的捕获试剂盒是RNA探针，有可能RNA不是很稳定。　　3.外显子捕获效率是什么？　　外显子测序过程中要用到杂交过程。在人的染色体上有许多与外显子有同源性的部分，这些有同源性的部分很可能在杂交过程中也被捕获下来。所以，测到的序列中，有一部分不是外显子序列。我们把测序得是外显子的部分占全部测序序列的比列称为捕获效率。Nimblegen大约是70%　　Agilent大约是60%　　Illumina大约是50%　　4.外显子测序一般建议做多少倍的覆盖？　　一般做100X或者150X。较高的覆盖倍数，对于测异质性的遗传变质，可以发现小比例的突变。另外，外显子测序的覆盖不是很均匀，这样较高的平均覆盖率有利于保证大部分的区域有足够的覆盖倍数。　　5.外显子测序能够测出多大的片段缺失？　　大致能测出50bp的片段缺失。目前的测序主要还是用HiseqXX,单侧的测长就是100bp。由于外显子测序的覆盖很不平均，所以如果有大段的缺失，无法判断是因为杂交没有捕获到，还是因为缺失。目前能够测到的，就是在一个read中发现的缺失。一个read的长度也就是100bp，所以大到50bp以下的片段缺失可以从外显子测序中测出来。　　6.外显子捕获可以做CNV吗？　　外显子测序因为有一个杂交捕获的过程，这样就会有一个杂交捕获效率的问题。各个外显子的杂交效率是不同的，其同源竞争的情况也不同，所以不同的外显子的覆盖率的差异就很大。所以一般情况下，外显子测序不能用于CNV的检测。但在癌症研究中，利用癌组织和癌旁组织对照，可以检测CNV。　　现在我们有另外两种常规方法来检测CNV，一种是全基因组重测序，另外一种是用Affymetrix的芯片来测。其中Affymetrix的检测费用大约只有全基因测序费用的1/10，是一个相对经济的手段。　　7.外显子测序的优点是什么？　　外显子测序是全基因重测序的一个较为经济的替代手段，对研究基因的SNP、Indel等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等，一般在疾病研究中，会结合转录组测序一起研究。　　人的全基因是3G，如果要把全基因都测一下，一般要平均30x的覆盖。也就是要90G的数据。这样的测序量，成本大约是一个样本6万多元。如果样本多的话，费用上可能负担不起。　　而外显子只占人全部基因序列的1%，而且是最关键的1%。把外显子全都测了，就相当于抓住了问题的主要矛盾。