辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析-园艺学报.PDFVIP

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2019-05-18 发布于天津
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辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析-园艺学报.PDF

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园艺学报 2012 ，39 （1）：168 –174 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 辣椒转录组 SSR 挖掘及其多态性分析 1,3 2,3 3,4 3 1,* 3,* 刘峰，王运生，田雪亮，茆振川，邹学校，谢丙炎 1 2 3 （湖南省农业科学院蔬菜研究所，长沙 410125 ；湖南农业大学生物安全科学技术学院，长沙 410128 ；中国农业 4 河南科技学院，河南新乡 453003 ）科学院蔬菜花卉研究所，北京 100081；摘要：利用 SSR 检索程序从两个辣椒转录组共 221 037 条 unigenes （97.3 Mb ）中筛选得到 17 319 个 SSR 位点（7.83% ），其发生频率为 1/56 kb 。其中以单核苷重复基序为主导类型，占总 SSR 的 56.30%；其次是二、三核苷酸重复基序，其出现频率分别为 19.16%和 23.18% 。对所有含 SSR 位点 EST 序列设计的 10 468 对引物进行 E-PCR 多态性检测，获得 1 538 对 E-PCR 多态性引物。随机选取 20 对引物进行验证，其中 7 对（36.84% ）在 10 个不同类型辣椒材料中表现出多态性，PIC 值范围为 0.33 ~ 0.89，平均为 0.67，将 10 个辣椒材料分为 3 类。这些潜在的多态性 EST-SSR 的开发为辣椒遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。关键词：辣椒；转录组；EST-SSR 中图分类号：S 641.3 文献标识码：A 文章编号：0513-353X （2012 ）01-0168-07 SSR Mining in Pepper （Capsicum annuum L. ）Transcriptome and the Polymorphism Analysis 1,3 2,3 3,4 3 1,* LIU Feng ，WANG Yun-sheng ，TIAN Xue-liang ，MAO Zhen-chuan ，ZOU Xue-xiao ，and XIE Bing-yan3,* 1 2 （Institute of Vegetables Hunan Academy of Agricultural Sciences ，Changsha 410125 ，China； College of Bio-Safety 3 Science and Tech