基于沙棘转录组序列开发EST.pdf

林业科学研究　２０１７，３０（１）：６９ ７４ ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ 　　ＤＯＩ：１０．１３２７５／ｊ．ｃｎｋｉ．ｌｙｋｘｙｊ．２０１７．０１．００１０ 基于沙棘转录组序列开发ＥＳＴＳＳＲ分子标记 １ １ １ １，２ 李珊珊 ，曾艳飞 ，何彩云 ，张建国 （１．国家林业局林木培育重点实验室，中国林业科学研究院林业研究所，北京　１０００９１； ２．南京林业大学南方现代林业协调创新中心，江苏 南京　２１００３７） 摘要：［目的］本研究通过对蒙古沙棘“向阳”品种的转录组序列进行ＳＳＲ引物开发，为沙棘亲本分析、遗传多样性和 遗传育种等研究提供支持。［方法］利用已测得的转录组序列进行分析和筛选，整理具有ＳＳＲ位点的序列，进行引 物设计，随机挑选１７９条引物进行验证。［结果］得到具有ＳＳＲ位点的ＥＳＴ序列 １７３８３条，其中，单核苷酸、二核苷 酸和三核苷酸重复基元分别占６２．７７％、２１．８２％和１３．７７％；二核苷酸重复基元类型以ＡＴ和ＡＧ为主，三核苷酸重 复基元类型以ＡＡＧ、ＡＴＣ和ＡＴＡ为主。９２９１条序列设计出扩增ＥＳＴＳＳＲ位点的引物，随机合成的１７９对引物中， １４２对扩增成功，选取其中９２个位点的扩增产物上机检测，４０个ＳＳＲ位点（４３．４８％）呈现多态。对扩增稳定且峰图 清晰的１７个多态位点的进一步分析，得到蒙古沙棘天然群体在各位点的观测杂合度（Ｈ ）为０．０８３ ０．８７５，期望 Ｏ 杂合度（Ｈ）为０．１８０ ０．７５０。［结论］本研究开发出的ＥＳＴＳＳＲ标记，为后期进行沙棘属植物遗传多样性分析、遗 Ｅ 传图谱构建及分子育种等研究提供了重要支持。 关键词：沙棘；转录组；ＥＳＴ－ＳＳＲ；引物 中图分类号：Ｓ７１８．４６ 文献标识码：Ａ　　　文章编号：１００１１４９８（２０１７）０１００６９０６ ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＥＳＴＳＳＲＭａｒｋｅｒｓＢａｓｅｄｏｎＳｅａｂｕｃｋｔｈｏｒｎ ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃＳｅｑｕｅｎｃｅｓ １ １ １ １，２ ＬＩＳｈａｎｓｈａｎ，ＺＥＮＧＹａｎｆｅｉ，ＨＥＣａｉｙｕｎ，ＺＨＡＮＧＪｉａｎｇｕｏ （１．ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＴｒｅｅＢｒｅｅｄｉｎｇａｎｄＣｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ，ＳｔａｔｅＦｏｒｅｓｔｒｙＡｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，ＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ， Ｂｅｉｊｉｎｇ　１０００９１，Ｃｈｉｎａ；２．ＣｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅＩｎｎｏｖａｔｉｏｎＣｅｎｔｅｒｏｆＳｕｓｔａｉｎａｂｌｅＦｏｒｅｓｔｒｙｉｎＳｏｕｔｈｅｒｎＣｈｉｎａ，ＮａｎｊｉｎｇＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ， Ｎａｎｊｉｎｇ　２１００３７，Ｊｉａｎｇｓｕ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］ＴｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓｏｆＨｉｐｐｏｐｈａｅｒｈａｍｎｏｉｄｅｓｓｕｂｓｐ．ｍｏｎｇｏｌｉｃａｃｖ‘Ｘｉａｎｇｙａｎｇ’ｗｅｒｅａｎａ ｌｙｚｅｄｔｏｄｅｓｉｇｎｐｒｉｍｅｒｓａｎｄｄｅｖｅｌｏｐＥＳＴＳＳＲ（ＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅｑｕｅｎｃｅＴａｇｓＳｉｍｐｌｅＳｅｑｕｅｎｃｅＲｅｐｅａｔ）ｍａｒｋｅｒｓ． ［Ｍｅｔｈｏｄ］ＴｈｅｐｒｉｍｅｒｓｗｅｒｅｄｅｓｉｇｎｅｄａｎｄｔｈｅＳＳＲｗａｓｄｅｖｅｌｏｐｅｄｂａｓｅｄｏｎｔｈｅＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅｑｕｅｎｃｅ．１７９ｐａｉｒｓｏｆ ｐｒｉｍｅｒｓｗｅｒｅｖａｌｉｄａｔｅｄｒａｎｄｏｍｌｙ．［Ｒｅｓｕｌｔ］１７３８３ＳＳＲＥＳＴｓ（ＳＳ