活性污泥宏基因组芯片DNA的制备方法.pdf

2009 15 2 ): 245~249 2009-04-25 应用与环境生物学报 ， ( Chin J Appl Environ Biol=ISSN 1006-687X DOI: 10.3724/SP.J.1145.2009.00245 活性污泥宏基因组芯片DNA的制备方法* ** 金 敏 赵祖国 王景峰 谌志强 陈照立 邱志刚 王新为 李君文 (军事医学科学院卫生学环境医学研究所环境卫生研究室 天津 300050) 摘 要 宏基因组芯片的探针是通过构建环境 DNA 的宏基因组文库而获得的，为了获得理想的活性污泥宏基因组文 库和宏基因组芯片探针，必须获得高质量的活性污泥DNA. 本文作者采用 8种不同的DNA提取方法提取活性污泥的总 DNA ，并通过比较DNA总量、纯度、完整性、是否含有PCR酶抑制剂、能否进行限制性内切酶酶切等指标来评价不同 提取方法对活性污泥总DNA提取效果的影响. 结果表明，溶菌酶–SDS –蛋白酶K–酚氯仿抽提处理活性污泥所提取 的总DNA效果最好，提取的DNA总量多、纯度高，DNA片段大于23 kb ，无需进一步纯化就可直接进行PCR扩增反应 或SauA Ⅰ限制性内切酶酶切，但DNA如果需要EcoR Ⅰ、Hin d Ⅲ等限制性内切酶酶切，则需采用Roche公司琼脂糖凝胶 回收试剂盒将DNA进一步回收纯化 . 图7 表3 参 14 关键词 活性污泥；DNA提取；宏基因组芯片；探针 CLC Q78 : X172 DNA Extraction from Activated Sludge for Metagenomic Array* JIN Min, ZHAO Zuguo,WANG Jingfeng, SHEN Zhiqiang, CHEN Zhaoli, QIU Zhigang, WANG Xinwei LI Junwen** (Institute of Hygiene and Environmental Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Tianjin 300050, China) Abstract InIn order to obtainorder to obtain ��robesrobes of metagenomic array and construct genomic DNA library of activated sludge, high-of metagenomic array and construct genomic DNA library of activated sludge, high- quality DNA should be �re�ared. Aiming to obtain the DNA, eight methods of extracting metagenomic DNA from activated sludge were com�ared based on DNA yield, �urity, size, PCR and enzymatic digestion. As a result, the method of lysoenzyme- SDS-proteaseK-phenol/chloroform extration achieved high quality of DNA fragments without more purification steps, which means the high quantity, good �urity and big size of DNA fragment