大连理工大学智能建模课件第六章 生物学研究的模拟方法.ppt

必要性与可行性 一、必要性与可行性 1、必要性 部分解决大时间尺度问题 充分利用计算机的强大计算处理数据功能 2、可行性 基础数据 模型思想 * * * * * 生物学研究的模拟方法 Penna 模型 二、Penna模型概述 Penna模型是一个基于个体的单物种生物种群演化模型，它很好地处理了生物个体的年龄、疾病、繁殖及突变因素。 1995年T.J.P.Penna发表在Journal of Statistical Physics的论文给出了原始的Penna模型。 参考文献： Penna TJP. A Bit-String Model for Biological Aging [J]. Journal of Statistical Physics, 1995, 78 (5-6):1629-1633. Stauffer D, de Oliveira PMC, de Oliveira SM, et al. Monte Carlo simulations of sexual reproduction [J]. PHYSICA A, 1996, 231 (4):504-514. Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 个体的构成——基因串 个体由基因构成 基因是可以分类的 最简单的分法： 两类：好、坏（如：遗传病） 构成方式：串结构 好坏基因用“0”,”1”表示。 Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 个体的构成——基因串 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 个体： “0”，“1”Bit-String 坏基因 好基因 B位 Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 个体的构成——基因串 个体的岁数： 每个个体每一时间步长一岁 基因起作用的方式： 活到相应岁数才起作用 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 时间指针 B位 Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 主要问题： 由这些个体组成的群体是如何演化的？ 为此，需要定义个体的生死机制。 Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 死亡机制 个体的死亡机制： 环境因素：每个时间步每个个体的死亡率 （Verhulst因子） 遗传因素：个体活到当前年龄累计坏基因个数(得遗传病的次数)大于 某一值T，死亡。 老 死：年龄达到B岁,死亡。 Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 繁殖机制 个体的繁殖机制： 最低繁殖年龄：R 繁 殖 个 数： b 子 代 基 因：Copy并变异，变异位数M Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 繁殖机制 繁殖方式： 父代： 子代： 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 R 当前年龄 1 0 0 0 1 0 1 1 1 0 1 当前年龄 Penna 模型 三、无性繁殖Penna模型 讨论的问题 横轴：时间 t 纵轴：个体总数 Nt t Nt 示意图 Penna 模型 四、有性繁殖Penna模型 个体的构成 个体： 个体分为雌性和雄性，对任意个体以50%的可能性规定性别。 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 B位 Penna 模型 四、有性繁殖Penna模型 个体的构成 规定某些位置是显性基因位置，其余为隐性基因位置。 对显性基因位置： 对隐性基因位置： 1 1 1 0 0 1 or or 患 病 1 1 患 病 只 有 Penna 模型 四、有性繁殖Penna模型 死亡机制 个体的死亡机制： 环境因素：每个时间步每个个体的死亡率 （Verhulst因子） 遗传因素：个体活到当前年龄累计坏基因个数(得遗传病的次数)大于 某一值T，死亡。 老 死：年龄达到B岁,死亡。 Penna 模型 四、有性繁殖Penna模型 繁殖机制 个体的繁殖机制： 繁殖年龄：R 雌性和雄性交配 繁殖个数：b 父： 母： 子 突变 突变 展望 展望 相关阅读 相关阅读 Pan QH, Wang ZR, Wang Z, et al. Common Ancestor and Genetic Diversity in Penna Model. COMMUNICATIONS IN COMPUTATIONAL PHYSICS ,1, 224-234,2010 . Marti