采用GPU和多CPU高速产生复杂群体样本.pdfVIP

目录 3．5．1 GPU和多CPU的流程图……………………………………………57 第4章讨论…………………………………………………………………………59 4．1CUDA和Pthread标准的优势……………………………………………．．59 4．2程序并行计算的选择………………………………………………………60 4．3程序优化的讨论……………………………………………………………61 4．3小结与展望…………………………………………………………………62 致谢……………………………………………………………………………………………………………．．64 参考文献……………………………………………………………………………．65 V 第1章引言 第1章引言 群体遗传学研究的是一个群体的进化历史，旨在阐明生物进化的机制。通 常以群体中突变基因的动态变化为中心，运用数学与统计学的方法研究各种因 素对群体基因频率所造成的一系列影响。溯祖理论是上世纪后期兴起的一种群 体遗传学研究方法，相对于经典群体遗传学存在明显优势。 溯祖理论研究的是群体遗传进化过程，它追溯时间回到过去，以预测过去 某一时刻群体的变化，这与经典群体遗传学研究有着十分明显的差异。溯祖理 论可以通过计算机编程来模拟生物学现象，并对程序所产生的大量数据使用统 计学方法进行分析以帮助遗传多态性的研究。溯祖模拟还可以节约大量的实验 研究所需要的资源与时间。基于以上特点，溯祖理论现已广泛应用于各种群体 特征研究中。针对不同群体特征研究的需要，科研人员已研究开发了不同的溯 祖模型，不同模型下溯祖模拟所产生的数据集可以用于比较实验数据，并测试 不同进化因素的重要性。 一方面溯祖理论在群体遗传研究中有其独特的重要性和广泛性，另一方面 随着生物分子实验所积累的数据越来越多，加快计算机模拟溯祖的速度变得尤 为重要，通过加速计算机模拟溯祖可以加速处理实验积累的群体多态性数据。 1．1群体遗传学理论 早在新石器时代人类就已经根据自身的生活物质需要，开始驯化动物和栽 培植物。起初人们仅仅依靠农业生产经验来进行驯养和栽培，随着生产需求的 扩大，人们逐渐学会了改良动植物品种的方法。早期人类对动植物的驯化一直 处于实践阶段，没有对遗传规律进行理论研究，直到1866年奥地利学者孟德尔 总结了豌豆杂交实验的结果，向人们揭示了孟德尔遗传定律，这才开启了人们 对遗传学的理论研究。随后大量学者投身遗传学的研究，通过研究群体或个体 生物的遗传和变异来揭示遗传物质的结构和功能，及其变异、传递和表达的规 律。 群体遗传学是从群体角度出发，用数学和统计方法研究群体中遗传物质的 第1章引言 动态变化过程，研究各种因素对群体基因频率所造成的一系列影响，如基因突 变、自然选择、群体大小的变化、迁移以及遗传漂变等。研究分析了影响群体 的因素，并为育种工作提供理论基础，例如人们可以选择加强有利于提高动植 物产量的因素来提高产量，这对人类畜牧业和粮食产业的进步有着深远的影响。 1．1．1经典群体遗传学 揭示了一个群体中遗传物质的变化规律，标志着经典群体遗传学研究的开始。 等通过研究遗传学的数学基础及一些相关计算方法，初步建立了群体遗传学的 理论体系，而后大量学者的工作又使之进一步的发展和完善，经典遗传学得到 迅速发展，形成了一套完整的理论体系和论证方法，群体遗传学也逐步发展成 为一门独立的学科，并且在这一领域取得了许多成果。 初期的群体遗传学在研究群体的进化过程时，总是研究群体特征随时间的 变化，这就是群体遗传学研究方法中所用到的“前瞻性”方法。利用这一方法可 以对某个特定的群体发展趋势做出比较准确的预测，然而这一研究方法存在一 定的弊端。一方面，由于人的寿命与进化时间相比非常短暂，我们不能观察和 探测到很长时间之后群体遗传物质的变化过程，也不能确定群体遗传的遗传变 化规律或者基因的进化变异，因此这一时期主要的研究工作只涉及到群体遗传 结构短期的变化，再通过短期变化的延续来推测长期进化的过程【1】，这一过程 涉及到结论可靠性的问题。另一方面，经典遗传学主要研究群体未来的动态变 化过程，这种情况下，我们通常要