中国水稻品种跟其系谱指纹数据库资料文档.ppt

* * * * * * * * * 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 鄂志国 中国水稻研究所 科技信息中心ricer@0571国家水稻数据中心 1) 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库(★):超过1.3万份(/variety/) 2) 水稻功能基因数据库(☆)：超过2.5千份(/gene/) 3) ontology系统(☆) 4) 水稻文献数据库(☆) ：超过2.8万篇(/reference/) 水稻科学数据的共享和利用 国家水稻数据中心 5) 优异种质数据库:超过5.0千份(/rsres/) 6) 水稻百科：词条近3.0千个(/baike/) 7) 其它数据库： 突变体(/mutant/) 分子标记(/marker/) 水稻科学数据的共享和利用 1）累计收录品种资料超过1.3万份； 2）基本收集齐国内审定品种、大面积推广品种、农家品种，等等，除品种外，还收录有不育系等材料 3）是国内唯一带有系谱追溯功能的水稻种质数据库，也是国内关于水稻品种最齐全的数据库 4）指纹鉴定（开发中，后文详细介绍…） 本数据库平台的特色 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 水稻科学数据的共享和利用 /variety/ /variety/identified/nation_1.htm 各种相关数据的无缝整合是本数据库平台最大特色 通过系谱追溯功能，结合品种推广数据，再编写特定的程序包，我们还能够： 筛选骨干亲本，推演主推品种更迭规律 一次性检索出某个核心种质、不育系或恢复系所衍生的全部品种或配组组合，以及它们的应用面积 一次性检索出某类型不育系（如印水型）所配组的全部组合及其应用面积 本数据库平台的特色 中国水稻品种及其系谱数据库（特色功能） 水稻科学数据的共享和利用 根据亲本的儿子、孙子和曾孙三代的表现，统计亲本的应用情况:分别按照后代数目和后代面积进行排序，从而推算骨干亲本 以50万亩以上为主推品种，计算主推品种的淘汰率，如以某一年为观察起点，看看这年的主推品种大概需要几年，全部退出历史舞台，等等… 蜀恢527 衍生品种共计326个 1）基因数据使用ontology系统管理，累计收录基因数据约2500份； 2）通过登录号与NCBI、MSU和RAP等国外数据库直接关联； 3）育种有利基因进行专门的分类整理，如：稻瘟病抗性基因：/gene/gene_pi.htm 本数据库平台的特色 水稻功能基因数据库 水稻科学数据的共享和利用 将不同文献中的同一基因汇总到一起 将不同文献中的同一基因汇总到一起 DTH2电子注释 基因结构图，我们自主编写的SVG脚本程序生成， 指纹实物图，是否也能通过程序自动生成？可以尝试，当然，也可以直接截取原始图片. 尝试对日本晴基因组的全部5万多个基因进行电子注释 gene ontology (GO) →基因功能，影响的生物学进程 trait ontology (TO) →基因所影响的表型 plant ontology (PO) →基因表达的时空性 本数据库平台的特色 管理基因数据库的ontology系统 水稻科学数据的共享和利用 自主开发了ontology系统； ontology，实质是对基因进行分类和注释 与传统的关键字或图书馆分类不同，ontology的术语之间有关联性，如“水稻”和“禾本科植物” 本数据库平台的特色 管理基因数据库的ontology系统 水稻科学数据的共享和利用 本数据库平台的特色 Ontology系统管理水稻基因数据 水稻科学数据的共享和利用 1）服务于品种数据库和基因数据库： 文献中的品种信息析出并录入到品种数据库;文献中的基因相关信息录入到基因数据库； 2）累计收录中英文水稻文献超过2.86万份:下一步：做成内网可以直接下载原文… 下一步：使用ontology进行管理(中国农科院信息所计划有项目资助) 本数据库平台的特色 水稻文献数据库 水稻科学数据的共享和利用 文献数据库的作用：由于重要数据都列出了数据来源，当不同来源的数据不一致时，用户可以自行判断 将NCBI、GRAMENE等数据库收录的有关水稻的所有生物学数据，全部融入进来，并对其中的基因和蛋白进行GO和TO注释； 目前正在做的工作 水稻科学数据的共享和利用 中国水稻品种及其系谱数据库 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 特点和工作基础： (1) 指纹跟系谱相结合，可以相互印证; (2)使用Windows Server 2008和SQL Server 2005架构，数据库的高效、安全和稳定有保障； (3)我们有自己的高效服务器和足够的带宽，当然，是否对外开放、如何开放，可以自主控制； 本数据库平台的特色 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 实现过程： (1) 服务器