我们还有这个蛋白序列数据库.ppt

第三讲从质谱数据鉴定多肽/蛋白质 开场白 在之前的讲座中，我们已经学到了关于蛋白质组学中的重要工具—质谱仪的知识。 蛋白质组学里，质谱仪的作用是鉴定混合物中的蛋白质。然而，没有数据分析的辅助，它是做不到这一点的。 蛋白质鉴定的全流程 讲座大纲 本讲座中，将分别讲述两种鉴定蛋白质的方法。其一是质量纹鉴定法（Peptide Mass Fingerprinting），另外一种是二级质谱的数据库搜索鉴定法（MS/MS Database Searching）。 我们将简略的介绍质量纹鉴定法。而用更多的时间讨论用于二级质谱上的方法。 多肽质量纹鉴定 多肽质量纹（Peptide Mass Fingerprinting，PMF）是从一级质谱（MS）中鉴定多肽的主要方法。 多肽质量纹一般都是在MALDI-TOF仪器的结果上进行。 其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息。 我们下面的讨论，先假设一张质谱图对应一个蛋白。后面会讨论处理多个蛋白的情况。 一级质谱图 蛋白质经过酶解后，送入质谱仪，得到一级质谱。 目前来说，由MALDI-TOF质谱仪产生的质谱图精度较高，而由ESI质谱仪产生的质谱图精度相对较低。 另一个问题是，ESI产生的质谱图中的离子通常带有很多电荷，而MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算。 所以从一级质谱鉴定蛋白质的算法（质量纹）主要用在MALDI-TO