第四章--核酸序列分析.pptVIP

选好上下游引物后检查： 1、引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。 2、发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。一般来说，这两项结构的能值以不超过4.5为好 3、GC含量以45-55％为宜。 4、如果模板不是基因组DNA，而是特定模板序列，最好还进行False priming site的检测。 按Alt+P键弹出PCR窗口，其中总结性地显示该引物的位置、产物大小、Tm值等参数，最有用的是还给出了推荐的最佳退火温度和简单的评价。 第四节 序列提交及克隆索取 一、向数据库中提交核酸序列 1、向EMBL数据库中提交序列 2、 GenBank数据库中核酸序列的提交 二、从IMAGE协作组索取相关克隆 一、向数据库中提交核酸序列 1、向EMBL数据库中提交序列 向EMBL数据库中提交序列的网络表格可参见http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.html 点击 GenBank数据库中核酸序列的提交可联网进行也可用Sequin软件制作好序列提交文件，向NCBI发送E-mail进行提交。 gb-sub@ 2、 GenBank数据库中核酸序列的提交 八、基因组序列中的编码区/内含子结构分析 真核基因外显子-内含子连接区 外显子-内含子连接区就是指外显子和内含子的交界，又称边界序列。 重要特征：（1）内含子的两端序列之间没有广泛的同源