化学具体结构表示及可视化.ppt

第十一章 化学结构的表示与可视化 西安理工大学 刘广钧 第十一章 化学结构的表示与可视化 化学结构即广义的分子结构与化学反应过程，包括：静态的分子与超分子结构、高分子与生物大分子结构、分子聚集态和晶体结构；化学反应过程与过渡态。 对化学结构数值表示的研究随着化学信息计算机处理的需求而迅速发展起来。本章不包括化学反应信息表示和处理的相关内容。 第十一章 化学结构的表示与可视化 分子结构指分子的拓扑结构和几何结构。 考虑化学拓扑结构信息主要是由于以下几方面的原因：对数百万种已知化合物结构信息用计算机进行标引、存储、检索和管理；关联化学结构与化合物性质,用作分子设计的结构参数；合成路线的最优设计；药物设计领域用于生物大分子与药物分子在三维局域结构匹配检索；进行辅助结构自动解析。 第十一章 化学结构的表示与可视化 分子拓扑结构表示有：线性表达式、矩阵指数和图形表示。 化学中常用的有机分子结构式是有机分子拓扑结构的图形表示。基因中核酸的排列（连接）顺序和蛋白质的一级结构也是拓扑结构。 2000年世界重大科技事件之一的“人类基因组计划”就是测定一位白人青年男子的基因中核酸的排列顺序。 第十一章 化学结构的表示与可视化 化学信息、分子拓扑结构信息的图形表示（有机分子结构的二维与三维表示以及有机反应的计算机表示方法）是计算机图形学在化学信息领域的重要应用，是现代化学结构信息存储与检索和化学反应分析与设计的基础。 化学结构图形检索技术已经在ISI公司的Chemistry Server、英国剑桥的ChemFinder等一些著名的化学文献和结构数据库中得到应用。 第十一章 化学结构的表示与可视化 分子的几何结构通过X射线和中子衍射等实验方法得到。 著名的剑桥晶体数据库CSD(Cambridge Structural Database)登录了近20万个分子（或晶体）的三维结构数据。分子的三维结构数据格式有许多，例如蛋白质数据库PDB所采用的数据格式应用于大多数分子三维结构可视化软件中，量子化学计算程序Gauss和MOPAC的数据格式也为一些分子图形软件所接受。 第十一章 化学结构的表示与可视化 常见的有机分子结构式绘图软件有ChemWindow、ChemDraw(ChemOffice)、ISISDraw、WIMP95等等。 具有显示分子和晶体三维结构功能的软件也有很多，一般都附在分子计算与模拟、晶体设计等软件中，例如Chem3D(ChemOffice)、Alchemy、WebLab viewer、HyperChem、CaRlne Crystallography、MacMolecule、Chem-X、RAS、SYBYL、Insight II(Biosym)、Cerius2等等。 第十一章 化学结构的表示与可视化 本章介绍Windows平台上的有机分子（拓扑）结构式绘图软件ChemWindow和三维分子结构可视软件WebLab ViewerPro。 第十一章 化学结构的表示与可视化 第一节 分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵指数 第二节 分子拓扑结构的线性标记方法 第三节 有机分子结构式绘图软件ChemWindow 第四节 分子几何结构的表示 第五节 三维分子结构显示软件WebLab ViewerPro 1 分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵指数 所谓拓扑结构是指构成化学物质的原子以及原子间的连接关系，不是指键长和键角等细节。 利用化学结构式所具有的拓扑性质，把二维结构图中的非氢原子当作结点(Node)，把相连的化学键当作拓扑图形的边(Edge)，可以构造出适合于计算机表征的拓扑方法。 分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵指数 分子的拓扑指标有三类，分别为基于图论的 距离矩阵 邻接矩阵 多项式拓扑指标。 邻接矩阵(Adjacency Matrix)L 方矩阵L的维数等于分子中的原子个数N。例如表示己烷的邻接矩阵L为6×6。 在分子中若原子i与j相邻接（i与j之间有化学键相连），则矩阵元lij和lji为1（双键为2，三键为3），否则为0。不同的原子标记会得到不同的邻接矩阵。下例是表示分子的一种标记顺序及其邻接矩阵。 邻接矩阵(Adjacency Matrix)L 例11-1： 邻接矩阵(Adjacency Matrix)L 原子i的邻接度，即成键数， ，上例中各原子的邻接度分别为 [1, 3, 3, 1, 1, 1]， 邻接矩阵指数c = 。上例中， c = (1×3)-1/2 + (3×3)-1/2 + (1×3)-1/2 + (1×3)-1/2 + (1×3)-1/2 = 2.6427。 距离矩阵(Distance Matrix)D 距离矩阵所表示的是原子间的距离关系，而非邻