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Mascot检索软件在蛋白 质质谱鉴定中的应用 目录 ? ? ?  生物质谱简介 Mascot简介 应用实例 生物质谱简介 ——基本结构 离子源(ion source)：使蛋 白或多肽变成 带电离子 常见类型： A:电喷雾电离(ESI) B:基质辅助激光 解吸电离(MALDI)  质量分析器 (mass analyzer)： 将离子源中形成 的离子按质荷比 大小分开 常见类型： A:四级杆(Quadrupole) B:离子阱(Ion trap) C:飞行时间(TOF)  检测器 (detecter)： 实现离子信 号检测 常见类型： A:直接检测器 B:电子倍增器 C:闪烁检测器 生物质谱简介 ——基本类型 ?  MALDI-TOF以及MALDI-TOF/TOF: ? ? ? ?  质谱类型：TOF质谱仪 样品状态：固态 优点：仪器结构简单，扫描速度快，高通量 缺点：结果可靠性依赖于样品质量 ?  LC-ESI-MS/MS: ? ? ? ?  质谱类型：三级四级杆、离子阱、Q-TOF 样品状态：液态 优点：灵敏度高，结果更可靠 缺点：低通量、价格贵 生物质谱简介 ——主要品牌 ? ? ? ? ? ? ?  美国应用生物系统(ABI)：美国 安捷伦科技(Agilent)：美国 布鲁克-道尔顿(Bruker Daltonics)：美国 戴安公司(Dionex)：美国 岛津(Shimadzu)：日本 赛默飞世科技 (Thermo Fisher)：美国(原美国热电) 沃特世科技(Waters)：美国 生物质谱简介 ——蛋白质质谱鉴定基本流程 肽段混合物  一级质谱 二级质谱 蛋白 DNA/protein数据库  肽段分 子量 搜索软件  二级碎片 分子量  鉴定结果 生物质谱简介 ——蛋白质质谱检索常用软件 说明：Mascot是目前使用最广泛的蛋白质鉴定检索软件、功能十分强大软件名称MascotSEQUESTX!Tandem软件类型商业软件商业软件免费开源软件数据格式MGF、DTAPKLRAW、 DTADTA 、PKL、MGF、mzXML 软件名称 Mascot SEQUEST X!Tandem 软件类型 商业软件 商业软件 免费开源软件 数据格式 MGF、DTA PKL RAW、 DTA DTA 、PKL、 MGF、mzXML 生物质谱简介 ——蛋白质质谱检索常用软件 ?  Mascot十大特性： ? ? ? ? ?  通过一个整合的软件包，同时支持目前主流的三种检索算法 通过特有的基于实概率的打分方法，支持标准统计显著性检验分 析 可用于检索任何FASTA数据库，包括蛋白质数据库、EST数据库 以及基因组数据库 无须耗时即可建立检索目录，无论是否基于酶的特异性，对于特 异性的化学修饰或翻译后修饰的鉴定均非常灵活 支持几乎所有常用的质谱仪输出的数据格式 生物质谱简介 ——蛋白质质谱检索常用软件 ?  Mascot十大特性（续）： ? ? ? ? ?  通过高效率的代码可满足从单线程到多线程系统或集群的高通量 计算需求 通过界面友好的客户端支持自动提交检索任务，无须用户编程 支持所有的Web浏览器，提交概述性以及详细的结果报告，并且 配以详尽的在线帮助文档，以帮助用户理解分析结果 目前已拥有一千多个学术及商业用户，被Frost Sullivan誉为“质 谱数据检索的黄金标准” 由独立运营，充满活力的Matrix Science公司研发，该公司一直致 力于开发最先进的生物信息学软件 Mascot简介 ——使用类型 ? ?  在线检索：免费，数据库总是最新的，检索速度快， 简单，只需将peak list文件导入即可，但文件大小受 限制 本地检索：需要购买软件及安装数据库，但使用方便、 可以进行大规模的数据检索分析和数据库配置，功能 更加强大 Mascot简介 ——检索方式 ?  Mascot是一款强大的数据库检索软件，可以实现从质 谱数据到蛋白质的鉴定，其检索方式包括以下三种： Peptide Mass Fingerprint （肽指纹图谱检索） Sequence Query （部分序列比对） MS/MS Ion Search （串联质谱检索） Mascot简介 ——肽指纹图谱鉴定 ? ? ?  原理：根据一个蛋白质酶切后的一组特异肽段分子量 信息进行比较从而进行蛋白鉴定 优点：是蛋白质鉴定的经典方法，算法简单，速度 快，在串联质谱鉴定出现之前应用广泛 缺点：质量相近的多肽增加匹配难度，并且无法实现 混合蛋白的鉴定，不太适合数据库不完整的物种的蛋 白质鉴定，不能分析到翻译后修饰位点 Mascot简介 ——部分序列比对 ? ? ?  原理：采用分子量联合部分氨基酸序列或者氨基酸组 成信息进行蛋白