第十章基因组与比较基因组学.pptVIP

* 人类基因组的核苷酸序列图其实是分子水平上最高层次的、最详尽的物理图。测定总长约1米、由30亿个核苷酸组成的全序列当然是人类基因组计划中最明确、最艰巨的任务（图10-10）。 因为人类所拥有的基因位点都是相同的，不同种族、不同个体的基因差异（人类基因组的多样性）以及“正常”与“疾病”基因的差异，只是同一位点上的等位基因的差异，所以，现在的人类基因组全序列来自一个“代表性人类个体”（其所有权在法律上不属于任何供体）。 五、 人类基因组的序列图 （Human Genome Sequence） 该序列在理论上代表了全人类的基因组信息，事实上也可被用于任何族群、任何个体的基因分析和诊断。人类基因组计划所提供的这四张图，特别是人类核酸序列图，蕴藏了决定我们生、老、病、死的所有遗传信息，必将成为人类认识自我、改造自我的用之不绝的知识源泉，为21世纪现代生物学和医学的迅速发展奠定基础。 DNA的鸟枪法序列分析技术 第二节 * 一、基因组DNA大片段文库的构建 二、鸟枪法基因组序列分析技术及其改良 一、基因组DNA大片段文库的构建 以YAC克隆为基础建立的邻接克隆群，由于DNA片段太大，不适于测序，需另外几种载体克隆的配合。BAC可运载约30万碱基对的片段，P1可运载约10万碱基对的片段，粘粒可运载约4万～5万碱基对的片段，细菌质粒则可运载约1万碱基对的DNA片段。这几类载体的运用，使YAC克隆的DNA大片段可先分解成相应克隆的小片段，便于测序。 一次测序一般只能测定1000碱基对，然后用已知序列的下游部分合成引物，进行另一次测序，如此一步步地“步行”，逐步完成较大片段的测序。因此，需先用质粒建立许多克隆，构成质粒文库，再对这些质粒克隆进行测序，然后用电脑搭配成邻接克隆群。　　 由于自动化和电脑的应用，现在一天已可进行10万个测序反应。现已完成的1.8亿碱基对的测序，约占人类基因组的5％～6％。华盛顿大学、贝勒医学院等机构，均已完成几百万到几千万碱基对的测序，错误率仅万分之一，测序速度和准确性已大大提高。 * 二、鸟枪法基因组序列分析技术及其改良 第一，建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量，即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。 第二，高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序，TIGR在完成流感嗜血杆菌的基因组时，使用了14台测序仪，用三个月时间完成了必需的28,463个测序反应，测序总长度达6倍基因组。 全基因组鸟枪法测序的主要步骤是： 目录 第一节 人 类 基 因 组计划 第二节 DNA的鸟枪法序列分析技术 第三节 比较基因组学（Comparative genomics）及功能基因组学研究 20世纪人类科技发展史上的三大创举 1940年代第一颗原子弹爆炸； 1960年代人类首次登上月球； 1990年代提出并基本完成的人类基因组计划（Human Genome Project，HGP） * DNA 双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院（NIH）人类基因组研究所第一任所长J.D.Watson 1990年在《Science》上撰文指出，与人类登月计划相比，HGP的资金投入少，但它对人类生活的影响却可能更深远。 * 随着这个计划的完成，DNA分子中储藏的有关人类生存和繁衍的全部遗传信息将被破译，它将不仅帮助我们理解人类如何作为健康人发挥正常生理功能，还将最终揭开基因在癌症、早老性痴呆症、精神分裂症等严重危害人类健康的疾病中的作用。 事实上，对人类自身更深入的了解是人类活动最重要的组成部分，因为任何自然科学研究，都没有比人类尽快找出解决自身所面临的人口膨胀、粮食短缺、环境污染、疾病危害、能源资源匮乏、生态平衡破坏、生物物种消亡等一系列难题更为重要、更为迫切。 * 1860至1870年 奥地利科学家孟德尔根据豌豆杂交实验提出遗传因子概念，并总结出孟德尔遗传定律。 1909年 丹麦植物学家和遗传学家约翰逊首次提出“基因”这一名词，用以表达孟德尔的遗传因子概念。 1944年 3位美国科学家分离出细菌的DNA（脱氧核糖核酸），并发现DNA是携带生命遗传物质的分子。 1953年 美国人沃森（Watson）和英国人克里克（Crick）通过实验提出了DNA分子的双螺旋模型。 1969年 科学家成功分离了第一个基因。 基因及基因组研究大事记： * 1990年10月 被誉为生命科学“阿波罗登月计划”的国际人类基因组计划启动。 1998年 一批科学家在美国罗克威尔（Rockville）组建塞莱拉遗传公司，与国际人类基因组计划展开竞争。 1998年12月 一种小线虫完整