分子标记和基因图谱.ppt

基因功能研究 1、计算机预测基因功能 依据仍然是同源性比较。同源基因拥有一个共同的祖先基因，它们之间有许多相似的序列。 种间同源基因 种内同源基因 基因功能研究 2、实验确认基因功能 基因克隆 基因敲除（knock-out） 基因的超表达 反义RNA技术 RNAi 转座子插入突变 反义RNA（antisense RNA）技术 * 植物遗传图谱的构建 选择研究材料（亲本） 构建分离群体 遗传标记检测 标记间的连锁分析 选择亲本 要求亲缘关系远，遗传差异大 但又不能相差太大以导致引起子代不育。 对备选材料进行多态(差异)性检测，综合测定结果，选择有一定量多态性的一对或几对材料作为遗传作图亲本。 构建作图群体 遗传标记的染色体定位 利用遗传学方法或其它方法将少数标记锚定在染色体上，作为确定连锁群的参照系。 常用的方法： 单体分析 三体分析 代换系分析 附加系分析 标记间的连锁分析 利用在两个亲本间有多态性的标记分析分离群体中所有个体的基因型 根据连锁交换的情况，确定标记之间的连锁关系和遗传距离 有计算机软件可以应用 水稻遗传图 1994年，水稻第一张高密度遗传图谱 927个位点， 1383个标记 1998年，1157个位点，2275个标记 2000年，3267个标记 高密度的遗传图谱为基因组测序和遗传研究奠定了坚实的基础。 人类遗传图谱的构建 不可能根据需要选择亲本，设计杂交组合，构建分离群体！ 只能检测现存家庭连续几代成员的基因型 家系分析法 资料有限、必须借助于统计学方法 现有的人类遗传图谱 1～22号染色体 8个家系134个成员 X染色体，12个家系170个成员 5364个SSR标记 2335个位点 标记间的平均距离599kb 物理图谱的构建 用分子生物学方法直接检测DNA标记在染色体上的实际位置绘制成的图谱称为物理图谱。 有遗传图谱为什么还要构建物理图谱？ 遗传图谱的缺陷 分别率有限 人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体 测序要求每个标记的间隔小于100kb 实际是599kb 遗传图谱的缺陷 精确性不够 经典遗传学认为，交换是随机发生的 基因组中有些区域是重组热点 倒位、重复等染色体结构变异会限制交换重组 酵母遗传图与物理图比较 A 遗传图 B 物理图 物理作图的方法 1、限制酶作图 2、依靠克隆的基因组作图 3、荧光原位杂交 4、序列标签位点作图 限制酶作图（restriction mapping） 限制酶作图（restriction mapping） 荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization，FISH） 荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization，FISH） 荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization，FISH） 荧光原位杂交（fluorescent in situ hybridization，FISH） 人类基因组物理图 1987年，RFLP图谱，403个标记，10Mb 1994年，5800个标记，0.7Mb 1996年，17000多个标记，100kb 完全适应全基因组测序的要求 遗传图与物理图的整合 有些标记既是遗传标记，又是物理标记 RFLP标记 SSR标记 某些基因序列 借助这些标记可以将遗传图和物理图整合起来 基因组测序策略 有了高密度的基因组图谱，就可以开始全基因组测序了 测序的技术飞速发展，现在可以全自动化 测序的策略有两个： 鸟枪法 克隆重叠群法 鸟枪法（shotgun sequencing） 鸟枪法的优缺点 优点： 不需要高密度的图谱 速度快、简单、成本低 缺点： 拼接组装困难，尤其在重复序列多的区域 主要用于重复序列少、相对简单的原核生物基因组 克隆重叠群法（clone contig） 将基因组DNA切割长度为0.1Mb－1Mb的大片段，克隆到YAC或BAC载体上 然后再进行亚克隆，分别测定单个亚克隆的序列 再装配、连接成连续的DNA分子。 这是一种自上而下（up to down）的测序策略 clone-by-clone method 两种基因组测序策略 The E.coli genome A portion of the E.coli chromosome showing genes and operons. A dot indi