自动批量计算IPP6 0免疫组化图片的 光密度 值.docVIP

自动批量计算IPP6 0免疫组化图片的 光密度 值 Pathology使用说明 解决问题:计算指定区域的面积(area)以及该区域内部特定染色部分的累积光密度(IOD)，从而计算出该区域内特定染色物的平均光密度(meandensity=IOD/area)。在确定了分析条件后(IntensityCalibration、Segmentation及Countingoption),可以一次性批量处理指定文件夹中所有图片，测量数据输出到excel中进行后续处理。主要应用于免疫组化图片的分析，也可以应用于其他类似图片。 适用版本:Pathology4.scr适用于IPP4.x，Pathology5.ipm适用于IPP5.x，Pathology6.ipm适用于IPP6.x。 准备工作说明: 1关于颜色选取做一下说明。对于一个彩色图片，利用Count/SizeManual来选择色彩范围的时候，可以看到Segmentation有两个选项页，分别为HistogramBased和ColorCubeBased。每次启动IPP时候，对于一个彩色图像，打开Count/Size中的Segmentation对话框，它的激活选项为ColorCubeBased选项页，也就是IPP启动时它的默认选项为ColorCubeBased选项页。 对于一个色彩文件(.rge)，它可以同时包含了HistogramBased和ColorCubeBased模式的色彩范围，那么在调用色彩文件时候，取决于在哪种模式下，如果是在HistogramBased下，就调用HistogramBased下的保存的色彩范围，对于ColorCubeBased也是这样。 在Pathology这个宏中，对于色彩的操作语句都要求是在HistogramBased模式下，所以要求制作选色文件的时候，要求在HistogramBased选项叶下进行，至于是HSI还是RGB下都可以。每次启动IPP的时候，要打开任意一个彩色图像，进入Count/Size中的Segmentation对话框，激活HistogramBased选项页，然后就可以正常运行Pathology，否则就会出错。 2.在计算MeanDensity(IOD/Area)时，其中Area这个参数比较复杂。这个面积的确定可以分为以下两种情况: a.染色组织区域充满整个图像，如图(1)，实际上可能这种情况比较少。Maco在处理这种图像时候，会自动计算非纯白区域的面积，从而计算MeanDensity。对于一个RGB24的彩色图像来说，非纯白区域的范围为(R,0-244;B,0-244;B,0-244)。所以非纯白区域的面积=整个图像的面积。 b.染色组织区域小于整个图像，如图(2)中的红线包围的区域。这种情况下，需要对图像进行预处理，将非面积计算区域填充成白色。 图(1)图(2) 对图像进行预处理，如下图(3)，可以将不要计算面积的背景填充成白色，处理后的图像如图(4)。这样，在计算时，Macro会自动计算非白色填充区域的面积，并用这个面积来计算MeanDensity。 图(3)图(4) 如果用户没有对图片进行处理，用户也可以在处理过程中来定义Area。 操作步骤说明: 1.运行Image-ProPlus，从Macro菜单调入Pathology脚本文件，并运行宏，如下所示，同时宏会自动打开Excel的一张空白工作表。 图(5A):Pathology4界面图(5B):Pathology5/6界面 2.ImagesSetting组合框 1.用户在此选择处理单幅图片还是批量处理图片。Measureactiveimage:处理工作区中的当前激活图片，此时激活AnalysisandReport组合框中的SingleMeasure按钮。Measureallimagesinfolder:选择此项后，激活ImageFolder按钮，这时Macro会批量处理选择的文件夹中的所有图片，此时激活AnalysisandReport组合框中的BatchMeasure按钮。 2.ImageFolder按钮:只有选择Settings组合框中的Measureallimagesinfolder时，才能激活ImageFolder按钮，否则ImageFolder为灰色，为非激活状态。ImageFolder用于更换批处理图像路径。 3.MeasureEnvirementSetting组合框说明:用于设置测量过程中所要用到的各种参数文件，以及设置测量过程中的各个控制选项。 1.SettingsFolder:设置参数文件的路径，包含SegmentationRange和Count/Size文件。 2.ODCalibration:Pathology4与Pathology5和Pathology6，在ODCal