计算化学-第一-二章.pptVIP

(3).在当前工作窗口（打开GIVEW 时程序自动打开一个工作窗口，如下图）也可通过File-new 路径新建一个工作窗口在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子，见下图 将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分子的角度将鼠标放在分子上，前后移动，可以将分子放大或缩小Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子当工作窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容易出现】。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个分子间的角度。 (4)．双击GVIEW界面上的 图标。出现窗口: 点击氟的元素符号“F”，就选中氟原子。 (5).回到工作窗口在苯环上的任一个H上单击左键，将H置换成F。 但要注意此时仅是元素符号发生了改变，C-F间的距离仍是C-H键的距离。需要用键长工具进行调整。单击GVIEW界面 图标。 然后再点击工作窗口中的C原子和F原子，看到被选中的两个原子于周围的原子再亮度上有差异 此时会出现右边的窗口 根据C-F键的长度在 0.675和2.700之间的方框内进行C-F键的调整。完毕后点击OK即可。 (6)．双击GVIEW界面上的 图标，出现以下窗口 这是GVIEW里内置的链烃库，选中乙烷 (7).在工作窗口内空处点左键 用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷间的距离和角度将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分子的角度；将鼠标放在分子上，移动滚轮，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子当工作窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容易出现】这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分子间的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个分子间的角度Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上，左右或前后移动，可以调节分子的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试。 （8）．单击GVIEW界面上 图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子 选择“None”，乙烷上的C-H键作类似处理 然后单击GVEW上的 图标，点选工作窗口中的两个氢原子，即将它们删去 再单击GVEW界面上 图标，根据实际键长将两个C原子联起来。 （9）．查看分子的对称性从Edit-Point group路径可以查看所构建分子的点群。点击Point group后，出现如下窗口： 为C1点群，其下拉菜单中的为可能的点群（改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建体系可能有的点群） (10)．查看分子坐标。单击GVIEW界面上的 图标。出现下面窗口 Z表示时内坐标，C表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整 （11）．向GAUSS递交计算。点GVIEW界面上Calculation 中的Gaussian 会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方法Method（如半经验方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，还可以选定基组;Title(对所要做的计算给一个说明，以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小）；General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定NBO计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）, Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型） 选择完毕后，点Submit即可递交计算。有时由于安装的原因GVIEW无法与GAUSS建立关联，就不能直接从GVIEW里递交计算。这时可以在GVIEW里保存用于GAUSS计算的输入文件，然后从GAUSS里调出文件进行计算。 3．构建分子中的注意事项 在构建分子前，应对分子的键长，键角和点群等有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好的把握细节，如构建大分子时，各个集团间的键长，键角和二面角一定要给的准确。以我的经验而言，相当一部分的错误（如SCF不收敛，1502报错等）都是分子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也就导致了对方程的解不能顺利完成，所以报错。对于大分子，不会出现分子直线排步的情况，链烃通常为锯齿型的排列，环之间总是有一定的夹角，共面情况虽有但不多见，这些都是在构建分子模型的过程中需要注意的。再者，分子建模是量化计算的一个难点，特别是对金属配合物，块状体系和纳米体系的构建。只有给出合理的结构，程序才能给出合理的解。我是做有机体系的计算，对以上三种不熟，还请各位同学见谅。如果不能体现出分子的对称性，则程序不能