枯草芽孢杆菌高质量代谢反应数据库的初步重构-生物化工专业论文.docxVIP

摘要建立高质量的微生物代谢反应数据库是进行代谢网络定量分析和运用代谢 摘要 建立高质量的微生物代谢反应数据库是进行代谢网络定量分析和运用代谢 工程技术改良菌种的基础，更是从宏观角度整体分析微生物的系统生物学的体 现。目前国内外的研究方法主要是结合各种相关互联网数据库的信息和书籍、文 献、专利以及实验事实和结果等对已有的数据库进行不断补充和完善或建立新的 代谢反应数据库。 枯草芽孢杆菌自被发现以来，一直在工业及医药领域有着广泛的应用。然而 它的代谢反应数据库到目前为止却还没有真正地建立起来，这就限制了人们对这 一实用性极强的菌种进行近一步研究和利用。本论文针对枯草芽孢杆菌，搜集了 目前针对该菌研究最有权威的三个互联网数据库KEGG、Subtilist和Expasy的 基因组注释信息和代谢反应信息，利用VBA语言编程，以KEGG数据库为基准， 将三个数据库的信息互为补充，初步建立了一个新的枯草芽孢杆杆菌代谢反应数 据库，由原来KEGG数据库791个与代谢反应相关的基因增加到目前的840个。 在此基础上，论文还对整个代谢反应数据库进行了子系统划分，以便对其进行后 续的代谢网络定量分析；共分为七个子系统：糖酵解及芳香族氨基酸代谢系统、 三羧酸循环代谢系统、谷氨酸代谢系统、天冬氨酸代谢系统、组氨酸、四氢叶酸 及核黄素代谢系统、核酸代谢系统和脂类代谢系统。目前本论文已根据KEGG数 据库中的代谢网络图谱对新建数据库的代谢信息进行了部分核对，由此补充和修 正新建数据库，并绘制了核酸代谢系统的图谱。 关键词：代谢反应数据库，互联网数据库，枯草芽孢杆菌，补充和修正，代谢 图谱 ABSTRCTBuilding ABSTRCT Building a metabolic reaction database of high quality for a microorganism is the basis of both quantitative analysis of metabolic network and melioration of bacteria species with metabolic engineering technologies aS well aS embodiment of systems biology wholly analyzing microorganism from microscopical point of view．The main reconstruction method is to complement and cure existing databases or reconstruct a new one by combining information from the Interact databases，text books，literature， patents as well as experimental facts． Bacillus subtilis is a gram positive model organism widely used in industrially and medial studies．However,up to now the high quality metabolic network of B．subfilist is still not available．Therefore，WC aim at Bacillus subtilis and collect genome annotation and metabolic reaction information from three authoritative Intemet databases：KEGO,Subtilist and Expasy．Based on KEGG we make the three databases complement each other by programming with VBA，and finally construct a new metabolic reaction database of Bacillus subtilis，whose number of metabolic genes increases from 79 1 in KEGG to 840．Then the whole databaSe has been divided into seven subsystems for convenient quantitative analysis of the metabolic network： glycolysis and aromatic amino